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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uj3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a humanized Fab fragment of anti-tissue-factor antibody in complex with tissue factor | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/BLOOD CLOTTING (免疫系) / tissue factor / antigen (抗原) / antibody (抗体) / Fab / IMMUNE SYSTEM-BLOOD CLOTTING COMPLEX (免疫系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of interleukin-8 production / phospholipid binding / protein processing / cytokine-mediated signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of angiogenesis / 凝固・線溶系 / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / 細胞膜 / extracellular space / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ohto, U. / Mizutani, R. / Nakamura, M. / Adachi, H. / Satow, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of a humanized Fab fragment of anti-tissue-factor antibody in complex with tissue factor. 著者: Ohto, U. / Mizutani, R. / Nakamura, M. / Adachi, H. / Satow, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uj3.cif.gz | 147 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uj3.ent.gz | 112.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uj3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1uj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1uj3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23475.979 Da / 分子数: 1 / 断片: anti-tissue-factor antibody hATR-5 Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23255.990 Da / 分子数: 1 / 断片: anti-tissue-factor antibody hATR-5 Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: タンパク質 | 分子量: 23302.949 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 606-810 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13726 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.77 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2-propanol, PEG4000, HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月5日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→37.1 Å / Num. all: 69013 / Num. obs: 64872 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 3 / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 81 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 2HFT AND 1JPT 解像度: 2.1→37.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1947766.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.9528 Å2 / ksol: 0.339345 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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