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- PDB-4omy: Crystal Structure of SeMet NolR from Sinorhizobium fredii in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4omy
タイトルCrystal Structure of SeMet NolR from Sinorhizobium fredii in complex with oligo AT DNA
要素
  • DNA (5 -D(*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3 )
  • DNA (5 -D(*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*A)-3 )
  • NolR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / helix-turn-helix / transcription regulator / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / NolR
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium fredii (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.062 Å
データ登録者Lee, S.G. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for regulation of rhizobial nodulation and symbiosis gene expression by the regulatory protein NolR.
著者: Lee, S.G. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.
履歴
登録2014年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NolR
B: NolR
C: NolR
D: NolR
E: DNA (5 -D(*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*A)-3 )
F: DNA (5 -D(*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3 )
G: DNA (5 -D(*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*A)-3 )
H: DNA (5 -D(*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3 )


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9208
ポリマ－78,9208
非ポリマー00
水00
1
A: NolR
B: NolR
E: DNA (5 -D(*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*A)-3 )
F: DNA (5 -D(*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3 )


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4604
ポリマ－39,4604
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
2
C: NolR
D: NolR
G: DNA (5 -D(*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*A)-3 )
H: DNA (5 -D(*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3 )


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4604
ポリマ－39,4604
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.019, 131.019, 67.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
NolR


分子量: 12980.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium fredii (根粒菌) / 遺伝子: nolR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83TD2
#2: DNA鎖 DNA (5 -D(*TP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*A)-3 )


分子量: 6783.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5 -D(*TP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3 )


分子量: 6716.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20% PEG-3350, 0.1 M sodium citrate/citric acid, and 0.2 M sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→42.9 Å / Num. obs: 22454 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 24.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.062→42.886 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 20.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1781 950 5.02 %Random
Rwork0.1316 ---
obs0.1339 18909 77.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.062→42.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2916 1734 0 0 4650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4526949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.5071961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0622-3.22360.231880.14851481X-RAY DIFFRACTION45
3.2236-3.42550.18121090.14071850X-RAY DIFFRACTION55
3.4255-3.68980.2087970.15222162X-RAY DIFFRACTION65
3.6898-4.06090.21861320.14832652X-RAY DIFFRACTION80
4.0609-4.64790.17061670.12633232X-RAY DIFFRACTION97
4.6479-5.85350.19151840.1443275X-RAY DIFFRACTION99
5.8535-42.89020.15581730.11723307X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9802-3.55364.94128.6721-6.11888.1591-1.5265-2.22732.81042.12940.0981-1.503-1.0009-1.35611.21761.45410.1764-0.141.1384-0.16421.06892.749658.739125.7692
27.3105-6.4721.13947.37220.16074.04520.5580.66231.4368-0.14670.1213-0.2953-1.1017-0.1106-0.35080.9850.15580.2850.64690.18010.997475.403269.738710.6284
33.1791-0.26720.8551.78370.9227.01220.26651.43371.9741-0.783-1.1507-0.9618-1.1531-0.5635-1.42031.31390.00050.47910.30490.68421.53774.897278.438511.4424
45.7504-2.46541.5987.2165-3.01333.6836-0.30862.52132.0587-1.70281.0785-0.9107-1.49281.7459-1.22290.7925-0.06230.31230.99140.12971.492291.349164.01727.0259
56.6047-4.36263.80275.1445-5.96726.9451.12181.4540.1034-2.7859-1.5253-0.39183.2605-0.15710.42411.15430.07890.05010.9584-0.15720.781279.99157.37153.3545
63.6489-3.77120.72768.51821.3766.62760.0659-0.1149-0.4405-0.01030.1278-0.77610.18650.4772-0.06930.62970.04970.12560.5548-0.0430.893395.542243.940720.2452
74.3043-3.4234-3.24832.98412.65822.8458-0.37030.12321.3252-0.5341.4242-1.6644-0.7762.6864-1.36810.81850.1270.1631.1169-0.02771.063297.456460.221313.8357
83.84-3.39264.75323.1538-4.18225.4729-0.25061.711.7206-1.478-0.2067-1.22730.73541.49090.50291.0551-0.07010.10841.34930.13111.3455120.060143.123-3.1551
92.15223.05861.35915.86331.51113.1003-0.698-0.10011.83621.14191.3914-2.157-0.15381.012-0.30440.67670.2779-0.04821.5622-0.57181.8171131.859932.772314.6407
109.8669-3.06580.56541.24950.90545.8616-0.4348-2.3197-0.18621.24951.1995-2.11310.46550.5805-0.37750.76210.1947-0.23131.9305-0.45211.7964140.61627.312317.3849
113.24681.9152-2.45425.72772.28114.9422-0.22881.1552-0.65980.06830.7838-0.00950.2670.5802-0.39170.62990.0849-0.03031.7988-0.47131.3284137.409227.54346.4254
121.548-1.886-0.44042.4755-0.46753.3505-0.52220.45262.15720.48190.3479-1.04050.73041.4877-0.37840.7656-0.11260.17731.7208-0.61751.8384144.978435.25449.8734
133.09420.1771-1.69345.5512-5.20585.6436-0.0634-1.23170.60912.04350.35290.4692-2.75561.2433-0.19961.13650.0186-0.12871.4085-0.32731.5359125.814341.788517.0406
144.7452-5.33896.50916.8297-6.3049.3259-1.2574-3.043-0.43630.72650.8526-0.07030.4762-1.97141.01280.98950.23430.12831.6089-0.02071.0792125.287428.71819.5784
151.5884-3.654-0.48168.38631.81276.4145-0.5401-0.6183-0.2683-0.4468-0.9884-0.5739-1.87390.3852-0.04980.5487-0.10190.07070.9604-0.49271.072113.579940.57382.8951
169.29210.33263.45866.16340.42565.15110.10971.24091.7012-1.12790.2485-0.0096-0.83380.31710.09890.6081-0.10880.04621.13880.05541.0234104.931741.2549-2.9875
174.4637-1.14712.37343.58561.15274.03480.05250.3766-0.8601-0.15020.6352-0.1890.0499-0.1785-0.37120.5737-0.0690.05250.8214-0.09051.2029107.571231.01041.8054
185.8905-1.9942.01946.3947-0.75223.2287-0.0392-0.71130.8325-1.07320.41831.2348-0.4854-0.55840.03640.53750.00540.52260.8177-0.23390.9798100.35738.23177.2514
194.28222.3328-4.4838.7529-5.94246.32391.2227-0.92850.29881.3258-0.04080.1255-3.21571.018-1.21370.99380.00370.01071.4302-0.55791.3354119.72846.368810.3971
204.2612-2.55863.78932.3339-1.92313.5692-0.28040.74321.6951-0.8644-0.464-1.6811-2.6558-0.56630.85241.66980.3096-0.07890.73470.02271.245564.101268.700420.5939
211.34930.0334-1.53352.05011.41751.8885-0.8527-0.4305-1.43520.970.55940.74120.4481-0.00420.36941.10350.30140.32770.89760.17721.318680.037938.420924.6093
229.19614.04521.03671.8761-0.32483.591-0.0327-0.2474-0.69711.42690.26620.63730.58910.0497-0.10451.22280.30430.27750.83210.10391.494788.111330.586127.0984
233.55240.4337-2.82211.33181.60714.705-1.1059-0.6938-0.52380.37340.42470.13630.1809-0.41210.75041.0410.23250.15740.75790.06850.993566.229455.544221.4238
247.60254.253.88445.3393-2.23068.6996-0.5520.61220.401-0.31060.9346-0.4991-0.31680.7063-0.31570.5178-0.020.08731.0247-0.10431.3214110.994821.9789-4.7325
255.0233-6.1264-2.62077.84531.55436.2829-0.66221.0391-1.5118-0.4670.71980.39850.87011.66560.12790.69790.1358-0.00161.5053-0.23871.7509132.574618.0415.1051
267.8318-6.67823.4386.7925-2.881.3864-0.410.09810.8066-0.5862-0.19220.80740.17310.81270.40060.83680.18890.25332.3795-0.64951.9305151.828220.2362.0139
276.7726-6.5588-3.02186.48823.54884.3952-2.362-1.0644-1.03740.95621.60951.7181.5541-0.29190.67371.00560.1923-0.04912.2171-0.58221.7956154.678119.13698.858
282.6897-2.38341.39042.1401-1.28880.67560.40970.5306-2.44970.10070.3224-0.31350.12691.3225-0.55820.76450.06210.00681.81-0.6481.779131.544917.67060.1655
295.7185-0.2966-0.74085.2142-0.93527.8783-0.42160.0951-0.8713-0.13010.87320.50380.0882-0.9123-0.42710.61630.02820.2311.5232-0.21731.2625109.436525.1335-8.9237
305.7233.22137.27015.90932.30122.0009-0.09352.3931-0.1643-2.63693.3412-0.123-1.7305-2.0539-3.02271.5895-0.09030.65151.47190.15861.273998.368218.263-18.0969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 102 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 25 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 26 through 87 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 88 through 102 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 6 through 25 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 26 through 40 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 41 through 55 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 56 through 68 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 69 through 87 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 88 through 102 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 6 through 25 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 26 through 40 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 41 through 55 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 56 through 68 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 69 through 87 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 88 through 102 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 1 through 5 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 6 through 22 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 2 through 11 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 12 through 22 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 1 through 10 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 11 through 15 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 16 through 22 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 2 through 6 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 7 through 16 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 17 through 21 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 22 through 22 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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