+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ilu | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CarD | ||||||
Components | RNA polymerase-binding transcription factor CarD | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Tudor like domain / five helical fold / RNA polymerase binding / Transcription regulation | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Thakur, K.G. / Kaur, G. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2014 Title: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CarD, an essential RNA polymerase binding protein, reveals a quasidomain-swapped dimeric structural architecture. Authors: Kaur, G. / Dutta, D. / Thakur, K.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ilu.cif.gz | 81.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ilu.ent.gz | 61.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ilu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ilu_validation.pdf.gz | 441.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ilu_full_validation.pdf.gz | 442.6 KB | Display | |
Data in XML | 4ilu_validation.xml.gz | 9.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4ilu_validation.cif.gz | 11.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilu | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18988.516 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S162A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: H37Rv / Gene: carD, MT3689, Rv3583c / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta(DE3) / References: UniProt: O53568, UniProt: P9WJG3*PLUS | ||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.98 Å3/Da / Density % sol: 75.29 % / Mosaicity: 0.64 ° |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 1.5M Lithium sulphate, 0.1M HEPES pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 9, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→93.5 Å / Num. all: 17652 / Num. obs: 17652 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.4 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 18.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→41.814 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.64 / FOM work R set: 0.8366 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.229 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 123.79 Å2 / Biso mean: 50.4053 Å2 / Biso min: 22.61 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→41.814 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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