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Yorodumi- PDB-3tfd: Crystal structure of an H-NOX protein from Nostoc sp. PCC 7120, L... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tfd | ||||||
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Title | Crystal structure of an H-NOX protein from Nostoc sp. PCC 7120, L66W mutant | ||||||
Components | Alr2278 protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Heme-based Sensor Domain / Gas Binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / cGMP-mediated signaling / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Nostoc sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||
Authors | Winter, M.B. / Herzik Jr., M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2011 Title: Tunnels modulate ligand flux in a heme nitric oxide/oxygen binding (H-NOX) domain. Authors: Winter, M.B. / Herzik, M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tfd.cif.gz | 225.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tfd.ent.gz | 188.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tfd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3tfd_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3tfd_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 3tfd_validation.xml.gz | 18 KB | Display | |
Data in CIF | 3tfd_validation.cif.gz | 24.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tfd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3tf0C 3tf1C 3tf8C 3tf9C 3tfaC 3tfeC 3tffC 3tfgC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21286.695 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L66W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nostoc sp. (bacteria) / Strain: PCC 7120 / UTEX 2576 / Gene: alr2278 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8YUQ7 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MLA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.78 Å3/Da / Density % sol: 67.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1.9-2.0 M malonic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 0.977 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 17, 2010 |
Radiation | Monochromator: KHOZU Double flat crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→50 Å / Num. all: 42144 / Num. obs: 42144 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→1.99 Å / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96→38.95 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / Phase error: 18.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.65 Å / VDW probe radii: 0.8 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.685 Å2 / ksol: 0.414 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→38.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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