PDB-3tf9: Crystal structure of an H-NOX protein from Nostoc sp. PCC 7120 un...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tf9

タイトル

Crystal structure of an H-NOX protein from Nostoc sp. PCC 7120 under 1 atm of xenon

要素

Alr2278 protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Heme-based sensor domain / gas binding

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5901 Å

データ登録者

Winter, M.B. / Herzik Jr., M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Tunnels modulate ligand flux in a heme nitric oxide/oxygen binding (H-NOX) domain.
著者: Winter, M.B. / Herzik, M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2011年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tf9.cif.gz	222.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tf9.ent.gz	185.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tf9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tf9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tf0C 3tf1C 3tf8SC 3tfaC 3tfdC 3tfeC 3tffC 3tfgC 2o09 2o0c 2o0g C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tfe-2 3tfd-1 3tfd-2 3tff-2 2o0g-2 3tfg-1 2o09-2 2o0c-1 3tf8-1 3tfa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (5) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alr2278 protein

B: Alr2278 protein

ヘテロ分子

44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alr2278 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alr2278 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.404, 124.404, 124.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Alr2278 protein 分子量: 21213.643 Da / 分子数: 2 / 断片: Heme-based sensor domain (UNP Residues 1-189) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YUQ7
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8 M DL-malic acid (pH 7.0) with and without 100 mM BIS-TRIS propane (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.4 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月30日
放射	モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 36721 / Num. obs: 36721 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.59→2.623 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TF8

3tf8

解像度: 2.5901→43.983 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2055	1902	5.18 %	Random
R_work	0.1701	-	-	-
obs	0.1719	36721	94.89 %	-
all	-	36721	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.567 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5901→43.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2888	0	90	23	3001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	3062
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.881	4170
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.88	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	534

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5901-2.6548	0.2871	113	0.2531	2212	X-RAY DIFFRACTION	84
2.6548-2.7266	0.2669	109	0.2436	2317	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7266-2.8068	0.2944	159	0.2393	2354	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8068-2.8974	0.2514	116	0.2203	2467	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8974-3.0009	0.2247	146	0.2021	2422	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0009-3.1211	0.2093	154	0.1827	2549	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1211-3.2631	0.252	145	0.1943	2517	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2631-3.435	0.2363	137	0.1908	2529	X-RAY DIFFRACTION	97
3.435-3.6501	0.1854	143	0.1611	2538	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6501-3.9318	0.1514	154	0.1475	2547	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9318-4.3272	0.1479	106	0.1315	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3272-4.9526	0.2274	150	0.1344	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9526-6.2369	0.2354	128	0.1807	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2369-43.9898	0.1744	142	0.1669	2538	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2335	-0.1241	-0.2091	0.4824	0.0708	0.4318	0.1128	-0.1403	-0.3113	0.127	-0.3497	-0.1215	0.0142	0.0924	0.0613	0.4887	-0.0998	-0.188	0.494	0.1561	0.6813	17.6063	12.1081	77.8432
2	0.9455	-0.4655	0.4146	0.7506	-0.3228	0.7007	0.1611	-0.2306	-0.2512	0.2251	-0.0749	0.126	-0.2379	0.0157	-0.0406	0.4571	-0.1601	-0.0668	0.4588	0.1696	0.4529	10.7663	12.2868	86.1832
3	0.4608	0.1949	0.0074	0.2249	0.0401	0.0134	0.0852	-0.1533	0.074	0.3267	-0.2364	-0.1225	-0.0286	0.1165	-0.0033	0.6054	-0.1345	-0.2381	0.4521	0.1394	0.4837	19.403	21.9114	79.1691
4	1.2336	0.653	0.8704	1.004	0.3268	1.3902	0.3794	0.3152	-0.379	0.0109	-0.2014	-0.3156	-0.0174	0.4767	-0.085	0.398	-0.0117	-0.0126	0.4889	0.0094	0.4774	8.4745	14.4144	67.202
5	0.1027	-0.181	-0.1732	0.4225	0.107	0.7326	-0.0265	-0.0174	0.643	0.0461	0.1453	0.3268	-0.0434	0.1393	-0.1241	0.2287	-0.1414	-0.034	0.5205	0.1033	0.4963	-3.5067	19.4645	63.783
6	1.0205	0.2577	-0.8435	1.0693	-0.0846	1.2239	-0.1333	0.352	0.065	0.0802	0.0665	0.4667	-0.026	-0.2532	-0.0924	0.4277	0.056	-0.0061	0.5223	0.0527	0.5524	-1.4372	26.0524	67.9211
7	0.9174	-0.0597	-0.0479	0.5179	-0.2037	0.3059	0.2567	-0.2254	0.4289	0.0219	0.065	0.1499	-0.1586	-0.0946	-0.2011	0.408	0.0461	0.0612	0.4235	0.0451	0.5653	4.1004	30.3353	64.9672
8	0.1607	-0.1925	0.0841	0.3314	-0.4	1.029	-0.1608	0.3342	0.0999	0.0196	-0.4334	-0.2006	-0.0916	0.2098	0.2557	0.2546	-0.0337	-0.0084	0.453	0.076	0.468	9.9546	21.1254	61.9898
9	0.4859	-0.2064	-0.2394	0.091	0.1099	0.1244	-0.0781	0.0214	-0.0314	-0.0337	-0.0668	0.0444	0.019	0.0332	0.0505	0.493	-0.1553	0.1279	0.5872	-0.0057	0.6505	10.0489	25.7584	55.5987
10	1.4162	-1.0376	-0.0017	1.4194	-0.6261	0.9649	-0.2726	0.0163	0.5652	0.3505	0.0958	-0.2237	-0.4449	-0.1312	0.0347	0.5247	-0.0968	0.0628	0.4504	0.0524	0.5052	7.776	33.5579	62.1977
11	0.2878	0.2738	0.3491	0.3341	0.2797	0.657	0.2149	0.1197	0.8602	-0.0008	-0.1408	0.2489	0.0684	-0.4756	-0.0465	0.3342	0.0174	0.053	0.6008	0.1339	0.8062	-18.9778	43.811	77.9076
12	0.0167	-0.0137	-0.0151	0.007	0.0061	0.007	-0.0357	0.0029	0.0072	0.0042	-0.045	-0.0196	-0.0145	0.035	-0.1021	0.3584	-0.0498	-0.2959	0.2045	0.6775	0.9601	-20.8163	52.7699	70.7794
13	0.1358	0.138	-0.0844	0.1714	-0.087	0.0476	-0.1122	0.2823	0.18	-0.1058	-0.046	-0.0553	0.0948	0.2425	0.1141	0.3842	-0.1094	-0.1157	0.5326	0.3952	0.6486	-14.7122	44.8749	70.184
14	1.5796	1.0233	-0.0548	1.8183	0.0767	0.7987	-0.2645	-0.1527	0.8901	0.1051	0.3149	0.2065	-0.29	-0.0016	-0.0822	0.4188	0.0287	-0.0191	0.3322	-0.098	0.6503	-14.4848	43.3916	84.8941
15	0.9326	-0.0631	-0.499	2.5212	-0.7345	1.0442	-0.014	0.0792	0.4619	0.4958	-0.0086	-0.2422	-0.1693	-0.1278	0.0874	0.4223	-0.0981	-0.023	0.3504	0.053	0.4662	-14.3562	29.6812	92.5571
16	2.7176	-0.7984	2.9868	0.2778	-1.0663	4.1194	0.5302	0.0281	-0.3845	-0.0589	0.0585	-0.0866	0.6761	-0.0297	-0.5104	0.441	0.018	0.0053	0.3022	0.0164	0.5211	-11.9188	25.0166	83.7596
17	0.2265	0.1512	0.2133	0.1161	0.0933	0.3297	0.1727	0.003	-0.0615	0.1414	-0.0095	-0.0756	0.1508	-0.0298	-0.0949	0.4766	0.0157	-0.0484	0.4255	-0.0259	0.5261	-4.2503	29.5709	85.3117
18	0.2044	-0.0754	-0.0909	0.1519	0.1053	0.2156	0.0953	0.0156	0.0058	-0.0168	-0.0365	-0.0897	-0.0495	0.076	0.0192	0.4904	-0.0798	-0.068	0.3149	-0.1484	0.5239	-4.3203	39.0132	91.2419
19	0.7282	0.0038	0.4211	0.6238	0.226	0.5384	0.0947	0.2111	-0.05	0.0089	0.0017	-0.0965	0.1044	0.1988	-0.0647	0.4348	-0.0685	-0.0364	0.5111	-0.0976	0.4575	2.2717	39.4233	90.6571

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:28)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 29:44)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 45:62)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 63:90)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 91:111)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 112:126)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 127:141)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 142:155)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 156:166)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 167:183)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 1:17)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 18:28)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 29:62)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 63:80)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 81:100)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 101:111)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 112:126)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 127:166)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 167:184)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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