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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ub6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Antibody 19G2 with sera ligand | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody fluorscence dynamics / sera ligand | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å | ||||||
データ登録者 | Beuscher, A.B. / Wirsching, P. / Lerner, R.A. / Janda, K. / Stevens, R.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structure and Dynamics of Blue Fluorescent Antibody 19G2 at Blue and Violet Fluorescent Temperatures 著者: Beuscher, A.B. / Wirsching, P. / Lerner, R.A. / Janda, K. / Stevens, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ub6.cif.gz | 176.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ub6.ent.gz | 141.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ub6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/1ub6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/1ub6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21943.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma cell / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P18527, UniProt: P01867*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 23209.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): hybridoma cell / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→19.43 Å / Num. all: 50364 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Limit h max: 81 / Limit h min: -91 / Limit k max: 28 / Limit k min: -91 / Limit l max: 43 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 613443.39 / Observed criterion F min: 0.32 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→19.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 64.5179 Å2 / ksol: 0.361169 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.96 Å2 / Biso mean: 47.56 Å2 / Biso min: 1.85 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→19.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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