+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ts9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Archaeal Homolog of Human RNase P Protein Rpp29 from Archaeoglobus fulgidus | ||||||
要素 | Ribonuclease P protein component 1リボヌクレアーゼP | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / anti-parallel / beta-sheet (Βシート) / alpha helix (Αヘリックス) / internal salt bridge / selenomethionine (セレノメチオニン) / Sm-fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / リボヌクレアーゼP / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sidote, D.J. / Heideker, J. / Hoffman, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of archaeal ribonuclease P protein aRpp29 from Archaeoglobus fulgidus. 著者: Sidote, D.J. / Heideker, J. / Hoffman, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ts9.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ts9.ent.gz | 23.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ts9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/1ts9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/1ts9 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12110.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 遺伝子: RNP1, AF1917 / プラスミド: pMAL-c2t / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28362, リボヌクレアーゼP |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.5 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月9日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→30 Å / Num. all: 17764 / Num. obs: 17599 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.72 Å / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.2531 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.03 Å | |||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
| |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
| |||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|