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- PDB-4nob: Crystal structure of the 1st Ig domain from mouse Polymeric Immun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nob
タイトルCrystal structure of the 1st Ig domain from mouse Polymeric Immunoglobulin receptor [PSI-NYSGRC-006220]
要素Polymeric immunoglobulin receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / ortholog / Ig domain / Structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Immune Function Network / IFN / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network
機能・相同性
機能・相同性情報


polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / polymeric immunoglobulin binding / secretory IgA immunoglobulin complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / receptor clustering / Neutrophil degranulation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / receptor complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymeric immunoglobulin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Banu, R. / Bhosle, R. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Garforth, S.J. ...Kumar, P.R. / Banu, R. / Bhosle, R. / Calarese, D.A. / Celikgil, A. / Chamala, S. / Chan, M.K. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Garforth, S.J. / Glenn, A.S. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Attonito, J. / Love, J.D. / Patel, H. / Patel, R. / Seidel, R.D. / Smith, B. / Stead, M. / Casadevall, A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the 1st Ig domain from mouse Polymeric Immunoglobulin receptor
著者: Kumar, P.R. / Casadevall, A. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymeric immunoglobulin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3716
ポリマ－13,9391
非ポリマー4325
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.275, 46.803, 62.062
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Polymeric immunoglobulin receptor / PIgR / Poly-Ig receptor / Secretory component


分子量: 13939.219 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-like V-type 1 domain residues 20-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pigr / プラスミド: pIEX / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: O70570
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol), Reservoir (0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris-HCl, 25% (v/v) PEG 3350), Cryoprotection (33% Ethylene glycol), Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 18980 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.51-1.5480.3538531.043193.3
1.54-1.569.40.339231.058197.8
1.56-1.5910.80.3079301.0831100
1.59-1.6312.20.2919321.043198.6
1.63-1.6612.30.2519161.0871100
1.66-1.7120.239421.046199.3
1.7-1.7412.50.2119441.0971100
1.74-1.7912.50.1879281.118199.5
1.79-1.8412.20.1619501.119199.8
1.84-1.912.70.1419431.0781100
1.9-1.9712.10.1189341.052199.8
1.97-2.0512.20.1029521.0261100
2.05-2.1412.30.0949580.9891100
2.14-2.2612.50.0829500.911100
2.26-2.412.60.0779640.8671100
2.4-2.5812.40.079550.769199.9
2.58-2.8412.40.0639680.7261100
2.84-3.25130.0599760.6951100
3.25-4.112.30.0599950.7341100
4.1-5011.50.06810671.069199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XED

1xed


解像度: 1.51→37.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.2109 / WRfactor Rwork: 0.1745 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8837 / SU B: 1.059 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.0684 / SU Rfree: 0.0704 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1891 945 5.1 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.1625 18374 96.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.96 Å2 / Biso mean: 17.001 Å2 / Biso min: 8.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å2-0 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→37.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数858 0 27 110 995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02907
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2141.9771227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9473.0041880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6855112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6522540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29515141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.227154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9331.326451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.931.321450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1841.968562
LS精密化 シェル解像度: 1.509→1.548 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 39 -
Rwork0.171 968 -
all-1007 -
obs--73.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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