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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qsu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRIPLE-HELICAL COLLAGEN-LIKE PEPTIDE, (PRO-HYP-GLY)4-GLU-LYS-GLY(PRO-HYP-GLY)5 | ||||||
要素 | PROTEIN ((PRO-HYP-GLY)4- GLU-LYS-GLY(PRO-HYP-GLY)5) | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / TRIPLE HELIX (三重らせん) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Kramer, R.Z. / Venugopal, M. / Bella, J. / Brodsky, B. / Berman, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Staggered molecular packing in crystals of a collagen-like peptide with a single charged pair. 著者: Kramer, R.Z. / Venugopal, M.G. / Bella, J. / Mayville, P. / Brodsky, B. / Berman, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qsu.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qsu.ent.gz | 21.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qsu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qsu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2738.892 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Collagen-like model sequence. #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4K, tris HCl, Li2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.75 Å / Num. all: 7286 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(F): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique all: 718 / % possible all: 99.86 |
反射 | *PLUS Num. obs: 5745 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 7.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.296 / Rfactor Rwork: 0.286 |