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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qb6 | ||||||
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タイトル | BOVINE TRYPSIN 3,3'-[3,5-DIFLUORO-4-METHYL-2, 6-PYRIDINEDIYLBIS(OXY)]BIS(BENZENECARBOXIMIDAMIDE) (ZK-805623) COMPLEX | ||||||
要素 | PROTEIN (TRYPSIN) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE PROTEINASE (セリンプロテアーゼ) / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / S1 POCKET / FACTOR XA (第X因子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIRECT REPLACEMENT / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Whitlow, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallographic analysis of potent and selective factor Xa inhibitors complexed to bovine trypsin. 著者: Whitlow, M. / Arnaiz, D.O. / Buckman, B.O. / Davey, D.D. / Griedel, B. / Guilford, W.J. / Koovakkat, S.K. / Liang, A. / Mohan, R. / Phillips, G.B. / Seto, M. / Shaw, K.J. / Xu, W. / Zhao, Z. ...著者: Whitlow, M. / Arnaiz, D.O. / Buckman, B.O. / Davey, D.D. / Griedel, B. / Guilford, W.J. / Koovakkat, S.K. / Liang, A. / Mohan, R. / Phillips, G.B. / Seto, M. / Shaw, K.J. / Xu, W. / Zhao, Z. / Light, D.R. / Morrissey, M.M. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1978 タイトル: Crystal Structure Analysis and Refinement of Two Variants of Trigonal Trypsinogen 著者: Bode, W. / Huber, R. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999 タイトル: Design, Synthesis, and Activity of 2,6-Diphenoxypyridine-Derived Factor Xa Inhibitors 著者: Phillips, G. / Davey, D. / Eagen, K. / Ng, H.P. / Pinkerton, M. / Koovakkat, S.K. / Whitlow, M. / Liang, A. / Trinh, L. / Morrissey, M.M. #3: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1998 タイトル: Discovery of N-[2-[5-[Amino(Imino)Methyl]-2-Hydroxyphenoxy]-3,5- Difluoro-6-[3-(4,5-Dihydro-1-Methyl-1H-Imidazol-2-Yl)Phenoxy] Pyridin-4-Yl-N-Methylglycine (Zk-807834): A Potent, ...タイトル: Discovery of N-[2-[5-[Amino(Imino)Methyl]-2-Hydroxyphenoxy]-3,5- Difluoro-6-[3-(4,5-Dihydro-1-Methyl-1H-Imidazol-2-Yl)Phenoxy] Pyridin-4-Yl-N-Methylglycine (Zk-807834): A Potent, Selective and Orally Active Inhibitor of the Blood Coagulation Enzyme Factor Xa 著者: Phillips, G.B. / Buckman, B.O. / Davey, D.D. / Eagen, K.A. / Guilford, W.J. / Hinchman, J. / Ho, E. / Koovakkat, S. / Liang, A. / Light, D.R. / Mohan, R. / Ng, H.P. / Post, J. / Smith, D. / ...著者: Phillips, G.B. / Buckman, B.O. / Davey, D.D. / Eagen, K.A. / Guilford, W.J. / Hinchman, J. / Ho, E. / Koovakkat, S. / Liang, A. / Light, D.R. / Mohan, R. / Ng, H.P. / Post, J. / Smith, D. / Subramanyam, B. / Sullivan, M.E. / Trinh, L. / Vergona, R. / Walters, J. / White, K. / Whitlow, M. / Wu, S. / Xu, W. / Morrissey, M.M. #4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995 タイトル: Crystal Structures of Factor Xa Specific Inhibitors in Complex with Trypsin: Structural Grounds for Inhibition of Factor Xa and Selectivity Against Thrombin 著者: Stubbs, M.T. / Huber, R. / Bode, W. #5: ジャーナル: Methods (San Diego) / 年: 1990 タイトル: Analytical and Production Seeding Techniques 著者: Stura, E.A. / Wilson, I.A. #6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: X-Ray Structure of Active Site-Inhibited Clotting Factor Xa 著者: Brandstetter, H. / Kuhne, A. / Bode, W. / Huber, R. / Von Der Saal, W. / Wirthensohn, K. / Engh, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qb6.cif.gz | 55.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qb6.ent.gz | 43.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qb6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/1qb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/1qb6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 断片: BOVINE TRYPSIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BOEHRINGER MANNHEIM CATALOG NUMBER 109,827 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P00760, トリプシン |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 化合物 | ChemComp-623 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 % 解説: STARTING FROM THE TRYPSIN 2-AMINOBENZIMIDAZOLE STRUCTURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: MICROCRYSTALS WERE INITIALLY GROWN USING THE HANGING DROP METHOD IN LINBRO CULTURE PLATES. CRYSTALLIZATION RESERVOIRS CONTAIN 1.8 - 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM TRIS HCL, 10 MM CACL2, PH 7.4. ...詳細: MICROCRYSTALS WERE INITIALLY GROWN USING THE HANGING DROP METHOD IN LINBRO CULTURE PLATES. CRYSTALLIZATION RESERVOIRS CONTAIN 1.8 - 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM TRIS HCL, 10 MM CACL2, PH 7.4. SIX UL OF 15 MG/ML BOVINE TRYPSIN IN 20 MM 2-AMINOBENZIMIDAZOLE WAS ADDED TO 6 UL OF RESERVOIR. MACROSEEDING WAS USED TO GROW LARGE CRYSTALS (REF. 5). SINGLE CRYSTALS WERE WASHED IN 0.8 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM TRIS HCL, 10 MM CACL2, PH 7.4. THE WASHED CRYSTALS WERE PLACED IN A 18 HOUR OLD HANGING, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→10 Å / Num. all: 15745 / Num. obs: 15745 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.05 % / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 68.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.102 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 68.2 % / Rmerge(I) obs: 0.235 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT REPLACEMENT / 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 2 立体化学のターゲット値: Hendrickson, W.A. (1985) Methods in Enzymology Vol. 115, 252-270.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 4 % / Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rwork: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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