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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p3u | ||||||
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タイトル | Crystal Structures of the NO-and CO-Bound Heme Oxygenase From Neisseria Meningitidis: Implications for Oxygen Activation | ||||||
要素 | Heme oxygenase 1HMOX1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / heme oxygenase (ヘム酸素添加酵素) / heme degradation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Friedman, J. / Lad, L. / Deshmukh, R. / Li, H. / Wilks, A. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal structures of the NO- and CO-bound heme oxygenase from Neisseriae meningitidis. Implications for O2 activation 著者: Friedman, J. / Lad, L. / Deshmukh, R. / Li, H. / Wilks, A. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p3u.cif.gz | 59 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p3u.ent.gz | 41.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p3u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/1p3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/1p3u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23609.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heme-complexed 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: hemO / プラスミド: pWMZ1651 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9RGD9, heme oxygenase (biliverdin-producing) |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-NO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: tris-HCl, sodium acetate, PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 119 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 21237 / Num. obs: 20581 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 27.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 1922 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 34991 / % possible obs: 86.9 % / Num. measured all: 85041 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1J77 解像度: 1.75→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |