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Yorodumi- PDB-3zi5: Crystal STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BFII C-TERMINAL REC... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zi5 | ||||||
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Title | Crystal STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BFII C-TERMINAL RECOGNITION DOMAIN IN COMPLEX WITH COGNATE DNA | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DNA-BINDING PSEUDOBARREL FOLD / DNA RECOGNITION | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | BACILLUS FIRMUS (bacteria) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Golovenko, D. / Manakova, E. / Zakrys, L. / Zaremba, M. / Sasnauskas, G. / Grazulis, S. / Siksnys, V. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2014 Title: Structural Insight Into the Specificity of the B3 DNA-Binding Domains Provided by the Co-Crystal Structure of the C-Terminal Fragment of Bfii Restriction Enzyme Authors: Golovenko, D. / Grazulis, S. / Manakova, E. / Sasnauskas, G. / Siksnys, V. / Zakrys, L. / Zaremba, M. #1: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2005 Title: Structure of the Metal-Independent Restriction Enzyme Bfii Reveals Fusion of a Specific DNA-Binding Domain with a Nonspecific Nuclease. Authors: Grazulis, S. / Manakova, E. / Roessle, M. / Bochtler, M. / Tamulaitiene, G. / Huber, R. / Siksnys, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3zi5.cif.gz | 200.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3zi5.ent.gz | 157.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3zi5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3zi5_validation.pdf.gz | 450.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3zi5_full_validation.pdf.gz | 451.6 KB | Display | |
Data in XML | 3zi5_validation.xml.gz | 15 KB | Display | |
Data in CIF | 3zi5_validation.cif.gz | 19.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3zi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3zi5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2c1lS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18704.820 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: DNA BINDING DOMAIN BFII-C, RESIDUES 193-358 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: PROTEOLYTIC FRAGMENT OF R.BFIIK107A SPANNING RESIDUES 193-358 Source: (gene. exp.) BACILLUS FIRMUS (bacteria) / Strain: S8120 / Plasmid: PET21B-BFIIK107A / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): ER2566 References: UniProt: Q9F4C9, type II site-specific deoxyribonuclease #2: DNA chain | Mass: 3703.416 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #3: DNA chain | Mass: 3623.368 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN SAPRANAUSK | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 58.6 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 292 K Details: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY MIXING COMPLEX SOLUTION WITH THE CRYSTALLIZATION BUFFER 0.49 M NAH2PO4, 0.91 M K2HPO4 (PH6.9 AT 25C). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 287 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RUH3R / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: RIGAKU IMAGE PLATE / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 22, 2009 / Details: OSMIC CONFOCAL MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→50.57 Å / Num. obs: 10809 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 6.97 % / Biso Wilson estimate: 24.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 13.31 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.23 Å / Redundancy: 6.49 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.43 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2C1L CHAIN A RESIDUES 200-358 Resolution: 3.2→43.795 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→43.795 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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