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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oh9 | ||||||
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タイトル | Acetylglutamate kinase from Escherichia coli complexed with MgADP, N-acetyl-L-glutamate and the transition-state mimic AlF4- | ||||||
要素 | ACETYLGLUTAMATE KINASE | ||||||
キーワード | KINASE / N-ACETYL-L-GLUTAMATE KINASE / AMINO ACID KINASE / PHOSPHORYL N-ACETYL-L-GLUTAMATE 5-PHOSPHOTRANSFERASE / NAG KINASE / GROUP TRANSFER / ARGININE METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / arginine biosynthetic process / DNA damage response / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Gil-Ortiz, F. / Ramon-Maiques, S. / Fita, I. / Rubio, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: The Course of Phosphorus in the Reaction of N-Acetyl-L-Glutamate Kinase, Determined from the Structures of Crystalline Complexes, Including a Complex with an Alf(4)(-) Transition State Mimic 著者: Gil-Ortiz, F. / Ramon-Maiques, S. / Fita, I. / Rubio, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oh9.cif.gz | 69 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oh9.ent.gz | 48.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oh9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1oh9_validation.pdf.gz | 742 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1oh9_full_validation.pdf.gz | 744.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1oh9_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1oh9_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1oh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/1oh9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 27186.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) プラスミド: PNAGK24 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P11445, UniProt: P0A6C8*PLUS, acetylglutamate kinase |
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-非ポリマー , 5種, 214分子
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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#3: 化合物 | ChemComp-NLG / |
#4: 化合物 | ChemComp-ALF / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 27-29% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2K, SODIUM ACETATE 0.1M PH 4.6 AMMONIUM CITRATE 0.25-0.4 M | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8424 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8424 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→30.02 Å / Num. obs: 18025 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→2.02 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.91 Å / 最低解像度: 30.02 Å / Num. measured all: 89855 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GS5 解像度: 1.91→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.0078 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: ISOMORPHOUS CRYSTALS WITH 1GS5 ALLOWED A PURE RIGID-BODY APPROACH
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.5073 Å2 / ksol: 0.373379 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.91→2.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 17143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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