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Yorodumi- PDB-5trw: Crystal structure of Pyridoxamine kinase PDXY from Burkholderia x... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5trw | ||||||
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Title | Crystal structure of Pyridoxamine kinase PDXY from Burkholderia xenovorans | ||||||
Components | Pyridoxal kinase PdxY | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia xenovorans / Pyridoxal kinase / PdxY / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia xenovorans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of Pyridoxamine kinase PDXY from Burkholderia xenovorans Authors: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edewards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5trw.cif.gz | 134.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5trw.ent.gz | 101.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5trw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5trw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5trw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1vi9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 32466.180 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (bacteria) Strain: LB400 / Gene: pdxY, Bxeno_A1503, Bxe_A2936 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q141E8, pyridoxal kinase |
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-Non-polymers , 6 types, 317 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NHE / | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.7 % / Mosaicity: 0.187 ° |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Microlytic MCSG1 screen H7: 30% PEG 3000, 100mM CHES pH 9.5; BuxeA.00129.a.B1.PS37942 at 14.1mg/ml + 3mM MgCl2 + 3mM AMPPNP (not visible); cryo: 20% EG; tray 274724a2, puck JUS9-5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 41948 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.51 % / Biso Wilson estimate: 16.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 18.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1vi9 Resolution: 1.6→43.942 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 15.67
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 66.17 Å2 / Biso mean: 21.1786 Å2 / Biso min: 8.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→43.942 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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