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万見
- PDB-2ajp: Crystal structure of a human pyridoxal kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ajp
タイトルCrystal structure of a human pyridoxal kinase
要素Pyridoxal kinase
キーワードTRANSFERASE / pyridoxal kinase / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / sodium ion binding / potassium ion binding / specific granule lumen ...pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / sodium ion binding / potassium ion binding / specific granule lumen / pyridoxal phosphate binding / secretory granule lumen / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxine kinase / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Pyridoxal kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ismail, S. / Dimov, S. / Atanassova, A. / Tempel, W. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a human pyridoxal kinase
著者: Ismail, S. / Dimov, S. / Atanassova, A. / Tempel, W. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2005年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal kinase
B: Pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,17146
ポリマ－73,1102
非ポリマー1,06144
水00
1
A: Pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,08523
ポリマ－36,5551
非ポリマー53122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,08523
ポリマ－36,5551
非ポリマー53122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.132, 114.971, 169.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 5 - 312 / Label seq-ID: 19 - 326

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Pyridoxal kinase / Pyridoxine kinase


分子量: 36554.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDXK, PKH, PNK / プラスミド: p28a-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00764, pyridoxal kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 40 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5
詳細: 30% PEG550MME, pH 9.5, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97972 / 波長: 0.97972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 38925 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.519
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID
2.3-2.3886.74.60.6734221.031
2.38-2.4893.45.50.66636601.0081
2.48-2.5997.96.30.57338620.991
2.59-2.7399.67.10.48839231.1061
2.73-2.91007.40.3639341.0711
2.9-3.121007.40.2439671.2431
3.12-3.441007.30.15239691.5851
3.44-3.931007.20.10339962.2761
3.93-4.951007.20.06440142.3041
4.95-5099.86.90.0541782.0611

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RFV

1rfv


解像度: 2.5→46.078 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.212 / SU B: 9.458 / SU ML: 0.212 / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.282 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2834 936 2.995 %thin shells
Rwork0.2414 ---
all0.243 ---
obs-31250 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.592 Å20 Å20 Å2
2---1.497 Å20 Å2
3----1.095 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4589 0 104 0 4693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.9826465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0585600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24425.052194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.64415773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9431520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22094
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.29823093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.56234857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.60421857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.60731608
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2230 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

RmsタイプWeight
0.281LOOSE POSITIONAL5
3.486LOOSE THERMAL10
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.5650.406780.31621252203
2.565-2.6350.303390.29121712210
2.635-2.7110.41780.26820642142
2.711-2.7940.292780.28120572135
2.794-2.8850.324390.27920142053
2.885-2.9860.36780.29718711949
2.986-3.0980.237390.26919071946
3.098-3.2240.272780.26417551833
3.224-3.3670.42390.26717371776
3.367-3.530.322390.27416471686
3.53-3.720.262500.23315501600
3.72-3.9440.283670.22414671534
3.944-4.2140.341390.21713691408
4.214-4.5490.205390.18713211360
4.549-4.9780.201390.17112111250
4.978-5.5580.254390.22511101149
5.558-6.40200.27610201020
6.402-7.8030.37390.249829868
7.803-10.880.189390.188658697
10.88-46.07800.255431431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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