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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o01 | ||||||
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タイトル | Human mitochondrial aldehyde dehydrogenase complexed with crotonaldehyde, NAD(H) and Mg2+ | ||||||
要素 | Aldehyde dehydrogenaseアルデヒドデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALDH (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / NAD / NADH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド) / isomerization (異性化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metabolism of serotonin / nitroglycerin reductase activity / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase activity / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / nitroglycerin reductase activity / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase activity / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / carboxylesterase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / NAD binding / electron transfer activity / carbohydrate metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Perez-Miller, S.J. / Hurley, T.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Coenzyme isomerization is integral to catalysis in aldehyde dehydrogenase 著者: Perez-Miller, S.J. / Hurley, T.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1o01.cif.gz | 833.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1o01.ent.gz | 684.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1o01.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/1o01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/1o01 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 54499.629 Da / 分子数: 8 断片: Complete mature sequence (does not contain mitochondrial leader sequence). 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH2 OR ALDM / プラスミド: PET7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P05091, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) |
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-非ポリマー , 7種, 3711分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-GAI / #5: 化合物 | ChemComp-NAD / #6: 化合物 | ChemComp-CRD / ( #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.57 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: ACES, PEG 6000, Guanidine HCl, MgCl2, DTT, NAD+. Crystal soaked with crotonaldehyde prior to data collection., pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 6.6 / PH range high: 6.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月29日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→35 Å / Num. all: 207332 / Num. obs: 188672 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 14801 / % possible all: 72 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 45 Å / % possible obs: 90.7 % / Num. measured all: 688308 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CW3 解像度: 2.15→34.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 6380979.5 / Data cutoff high rms absF: 6380979.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.2129 Å2 / ksol: 0.310269 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.84 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 45 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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