+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m4a | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Human Interleukin-2 Y31C Covalently Modified at C31 with (1H-Indol-3-yl)-(2-mercapto-ethoxyimino)-acetic acid | ||||||
要素 | interleukin-2インターロイキン-2 | ||||||
キーワード | CYTOKINE (サイトカイン) / four-helix bundle (ヘリックスバンドル) / small molecule complex (小分子) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation ...kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / natural killer cell activation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / kinase activator activity / negative regulation of B cell apoptotic process / Interleukin-2 signaling / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of immunoglobulin production / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / carbohydrate binding / response to ethanol / transcription by RNA polymerase II / 獲得免疫系 / 細胞接着 / 免疫応答 / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Arkin, M.A. / Randal, M. / DeLano, W.L. / Hyde, J. / Luong, T.N. / Oslob, J.D. / Raphael, D.R. / Taylor, L. / Wang, J. / McDowell, R.S. ...Arkin, M.A. / Randal, M. / DeLano, W.L. / Hyde, J. / Luong, T.N. / Oslob, J.D. / Raphael, D.R. / Taylor, L. / Wang, J. / McDowell, R.S. / Wells, J.A. / Braisted, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003 タイトル: Binding of small molecules to an adaptive protein-protein interface 著者: Arkin, M.A. / Randal, M. / DeLano, W.L. / Hyde, J. / Luong, T.N. / Oslob, J.D. / Raphael, D.R. / Taylor, L. / Wang, J. / McDowell, R.S. / Wells, J.A. / Braisted, A.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m4a.cif.gz | 33 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1m4a.ent.gz | 25.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/1m4a | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15375.948 Da / 分子数: 1 / 変異: Y31C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P60568 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MPE / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.06 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月2日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→10 Å / Num. all: 5840 / Num. obs: 5840 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 438 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 67.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.652 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.181→2.254 Å / Total num. of bins used: 15
|