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- PDB-1k8x: Crystal Structure Of AlphaT183V Mutant Of Tryptophan Synthase Fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k8x
タイトルCrystal Structure Of AlphaT183V Mutant Of Tryptophan Synthase From Salmonella Typhimurium
要素
  • TRYPTOPHAN SYNTHASE, ALPHA PROTEINトリプトファン合成酵素
  • TRYPTOPHAN SYNTHASE, BETA PROTEINトリプトファン合成酵素
キーワードLYASE (リアーゼ) / HELIX (螺旋)
機能・相同性
機能・相同性情報


トリプトファン合成酵素 / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ピリドキサールリン酸 / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kulik, V. / Weyand, M. / Siedel, R. / Niks, D. / Arac, D. / Dunn, M.F. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: On the Role of AlphaThr183 in the Allosteric Regulation and Catalytic Mechanism of Tryptophan Synthase
著者: Kulik, V. / Weyand, M. / Siedel, R. / Niks, D. / Arac, D. / Dunn, M.F. / Schlichting, I.
履歴
登録2001年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPTOPHAN SYNTHASE, ALPHA PROTEIN
B: TRYPTOPHAN SYNTHASE, BETA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8884
ポリマ－71,6182
非ポリマー2702
水7,422412
1
A: TRYPTOPHAN SYNTHASE, ALPHA PROTEIN
B: TRYPTOPHAN SYNTHASE, BETA PROTEIN
ヘテロ分子

A: TRYPTOPHAN SYNTHASE, ALPHA PROTEIN
B: TRYPTOPHAN SYNTHASE, BETA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7768
ポリマ－143,2354
非ポリマー5404
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)182.220, 59.990, 67.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRYPTOPHAN SYNTHASE, ALPHA PROTEIN / トリプトファン合成酵素


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 変異: T183V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
プラスミド: PSTB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00929, トリプトファン合成酵素
#2: タンパク質 TRYPTOPHAN SYNTHASE, BETA PROTEIN / トリプトファン合成酵素


分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / プラスミド: PSTB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2K1, トリプトファン合成酵素
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 8000, EDTA, spermine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
250 mMNa+-bicine1droppH7.8
310 mMNa+-EDTA1drop
41 mMdithioerythritol1drop
520000 nMPLP1drop
650 mMNa+-bicine1reservoirpH7.8
75 mMdithioerythritol1reservoir
85 mMNa+-EDTA1reservoir
90.1 mMPLP1reservoir
102 mMspermine1reservoir
118-12 %(w/v)PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8345 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20.9 Å / Num. all: 56455 / Num. obs: 51264 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Num. unique all: 7522 / % possible all: 94
反射
*PLUS
Num. obs: 50864 / Num. measured all: 112612 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.1 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
CNS精密化
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QOP

1qop


解像度: 1.9→19.62 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.232 2614 RANDOM
Rwork0.192 --
all-51264 -
obs-51264 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å20 Å2-1.53 Å2
2--6.45 Å20 Å2
3----4.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4834 0 16 412 5262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 454 -
Rwork0.258 --
obs-8304 93.7 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 19.6 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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