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万見
- PDB-1iwb: Crystal structure of diol dehydratase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iwb
タイトルCrystal structure of diol dehydratase
要素(DIOL DEHYDRATASE ...) x 3
キーワードLYASE (リアーゼ) / beta-alpha-barrels
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit ...Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit / Diol/glycerol dehydratase/dehydratase reactivating factor / Dehydratase medium subunit / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
コバラミン / : / Diol dehydrase alpha subunit / Diol dehydrase beta subunit / Diol dehydrase gamma subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Shibata, N. / Masuda, J. / Morimoto, Y. / Yasuoka, N. / Toraya, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Substrate-induced conformational change of a coenzyme B12-dependent enzyme: crystal structure of the substrate-free form of diol dehydratase
著者: Shibata, N. / Masuda, J. / Morimoto, Y. / Yasuoka, N. / Toraya, T.
履歴
登録2002年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年5月31日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIOL DEHYDRATASE alpha chain
B: DIOL DEHYDRATASE beta chain
G: DIOL DEHYDRATASE gamma chain
L: DIOL DEHYDRATASE alpha chain
E: DIOL DEHYDRATASE beta chain
M: DIOL DEHYDRATASE gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,39214
ポリマ－207,4976
非ポリマー2,8958
水17,330962
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27230 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area51290 Å2
手法PISA
2
B: DIOL DEHYDRATASE beta chain
ヘテロ分子

E: DIOL DEHYDRATASE beta chain
ヘテロ分子

A: DIOL DEHYDRATASE alpha chain
G: DIOL DEHYDRATASE gamma chain
L: DIOL DEHYDRATASE alpha chain
M: DIOL DEHYDRATASE gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,39214
ポリマ－207,4976
非ポリマー2,8958
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_755-x+5/2,-y,z+1/21
crystal symmetry operation2_654-x+3/2,-y,z-1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23840 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area57050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.79, 122.40, 207.59
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DIOL DEHYDRATASE ... , 3種, 6分子 ALBEGM

#1: タンパク質 DIOL DEHYDRATASE alpha chain


分子量: 60408.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59470, propanediol dehydratase
#2: タンパク質 DIOL DEHYDRATASE beta chain


分子量: 24141.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59471, propanediol dehydratase
#3: タンパク質 DIOL DEHYDRATASE gamma chain


分子量: 19198.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59472, propanediol dehydratase

-
非ポリマー , 3種, 970分子

#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN / コバラミン


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: PEG6000, potassium phosphate, Tris, lithium chloride, N,N-dimethyllaurylamineoxide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: sandwich-drop vapor diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mg/mlenzyme1drop
210 mMpotassium phosphate1droppH8.0
30.10 %LDAO1drop
420000 nMCN-Cbl1drop
515 %(w/v)PEG60001reservoir
60.24 M1reservoirLiCl
720 mMTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.708 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.708 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 1656266 / Num. obs: 126694 / % possible obs: 76.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / % possible all: 53.6
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 1656266 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 53.6 % / Rmerge(I) obs: 0.176

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
SHELXL-97精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→10 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.256 6341 RANDOM
Rwork0.181 --
obs0.181 120342 -
all-120342 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13296 0 188 962 14446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.34
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.028
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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