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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iap | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF P115RHOGEF RGRGS DOMAIN | ||||||
要素 | GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR P115RHOGEF | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / p115 / RhoGEF / RGS / RGRGS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G alpha (12/13) signalling events ...regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G alpha (12/13) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / RNA binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sprang, S.R. / Chen, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structure of the rgRGS domain of p115RhoGEF. 著者: Chen, Z. / Wells, C.D. / Sternweis, P.C. / Sprang, S.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1iap.cif.gz | 51.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1iap.ent.gz | 37.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1iap.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1iap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1iap | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24276.924 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL RGS DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PTRCC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q92888 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.3 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: PEG 3350, ammonium formate, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 9.6 / PH range high: 9.3 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→16 Å / Num. all: 14781 / Num. obs: 13303 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1152 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 79.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SE-MET STRUCTURE OF THE SAME PROTEIN SOLVED BY MAD PHASING FROM A FOUR-WAVELENGTH MAD DATASET COLLECTED AT CHESS F2 BEAMLINE (UNPUBLISHED DATA) 解像度: 1.9→15.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1423020.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.57 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.3 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.339 / % reflection Rfree: 9.4 % / Rfactor Rwork: 0.304 |