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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1he1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex between the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin and human Rac | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / SIGNALLING COMPLEX / EXOS / RAC / PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / GAP / TOXIN (毒素) / VIRULENCE FACTOR (病原性因子) / TRANSITION STATE (遷移状態) / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / GTPASE (GTPアーゼ) / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 ...regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / respiratory burst / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / cell projection assembly / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / motor neuron axon guidance / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of cell size / DSCAM interactions / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / glycosyltransferase activity / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / localization / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / nucleotidyltransferase activity / GTPase activator activity / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / positive regulation of endothelial cell migration / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / cell projection / actin filament organization / 運動性 / RHO GTPases Activate Formins / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / neuron migration / MAPK6/MAPK4 signaling / ゴルジ体 / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Wurtele, M. / Wolf, E. / Pederson, K.J. / Buchwald, G. / Ahmadian, M.R. / Barbieri, J.T. / Wittinghofer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: How the Pseudomonas Aeruginosa Exos Toxin Downregulates Rac 著者: Wurtele, M. / Wolf, E. / Pederson, K.J. / Buchwald, G. / Ahmadian, M.R. / Barbieri, J.T. / Wittinghofer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1he1.cif.gz | 150.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1he1.ent.gz | 116.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1he1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/1he1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/1he1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ds6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.117, 0.8492, 0.5149), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 14261.152 Da / 分子数: 2 / 断片: 96-234, GTPASE-ACTIVATING PROTEIN (GAP-DOMAIN) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 遺伝子: EXOS / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51451 #2: タンパク質 | 分子量: 19563.525 Da / 分子数: 2 / 断片: 2-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P15154, UniProt: P63000*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 722分子
#3: 化合物 | ChemComp-NI / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 8% PEG 6000, 3MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 527331 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.285 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 53976 / Num. measured all: 527331 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.285 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DS6 CHAIN A 解像度: 2→29.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2288865.96 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.2816 Å2 / ksol: 0.372576 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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