+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g4u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE SALMONELLA TYROSINE PHOSPHATASE AND GTPASE ACTIVATING PROTEIN SPTP BOUND TO RAC1 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / virulence factor / GAP / tyrosine phosphatase / 4-helix bundle / GTPase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / engulfment of apoptotic cell / NTRK2 activates RAC1 ...regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / engulfment of apoptotic cell / NTRK2 activates RAC1 / Inactivation of CDC42 and RAC1 / NADPH oxidase complex / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / cell projection assembly / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of fibroblast migration / RHO GTPases activate CIT / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / Nef and signal transduction / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of nitric oxide biosynthetic process / RHO GTPases activate KTN1 / Activation of RAC1 / regulation of lamellipodium assembly / Azathioprine ADME / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cell size / establishment or maintenance of cell polarity / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / Signal transduction by L1 / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of microtubule polymerization / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / regulation of cell migration / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / GTPase activator activity / protein-tyrosine-phosphatase / cell chemotaxis / cell-matrix adhesion / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / G protein activity / protein tyrosine phosphatase activity / actin filament organization / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cell motility / RHO GTPases Activate Formins / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / ruffle membrane / neuron migration / MAPK6/MAPK4 signaling / trans-Golgi network / Signaling by SCF-KIT / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / VEGFA-VEGFR2 Pathway / response to wounding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / recycling endosome membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Stebbins, C.E. / Galan, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000 タイトル: Modulation of host signaling by a bacterial mimic: structure of the Salmonella effector SptP bound to Rac1. 著者: Stebbins, C.E. / Galan, J.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g4u.cif.gz | 128.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1g4u.ent.gz | 97 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g4u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g4u_validation.pdf.gz | 467.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1g4u_full_validation.pdf.gz | 477.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1g4u_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g4u_validation.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/1g4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/1g4u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 SR
#1: タンパク質 | 分子量: 42127.801 Da / 分子数: 1 / 断片: SPTP RESIDUES 161-543 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: SPTP / プラスミド: PGEX-4T-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P74873 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 20402.650 Da / 分子数: 1 / 断片: RAC1 RESIDUES 1-184 / Mutation: F78S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1 / プラスミド: PGEX-4T-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P63000 |
-非ポリマー , 4種, 337分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#4: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#5: 化合物 | ChemComp-AF3 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 18 %PEG 400, 0.1M MES, 15mM sodium flouride, 0.1mM aluminum chloride, 2mM DTT, 2mM magnesium chloride, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月17日 / 詳細: Yale mirrors |
放射 | モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 28370 / Num. obs: 27264 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 15.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 177445 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.33 Å /
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4 | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor Rwork: 0.285 |