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万見
- PDB-3niy: Crystal structure of native xylanase 10B from Thermotoga petrophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3niy
タイトルCrystal structure of native xylanase 10B from Thermotoga petrophila RKU-1
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / TIM-barrel / xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga petrophila RKU-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Santos, C.R. / Meza, A.N. / Trindade, D.M. / Ruller, R. / Squina, F.M. / Prade, R.A. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Thermal-induced conformational changes in the product release area drive the enzymatic activity of xylanases 10B: Crystal structure, conformational stability and functional ...タイトル: Thermal-induced conformational changes in the product release area drive the enzymatic activity of xylanases 10B: Crystal structure, conformational stability and functional characterization of the xylanase 10B from Thermotoga petrophila RKU-1.
著者: Santos, C.R. / Meza, A.N. / Hoffmam, Z.B. / Silva, J.C. / Alvarez, T.M. / Ruller, R. / Giesel, G.M. / Verli, H. / Squina, F.M. / Prade, R.A. / Murakami, M.T.
履歴
登録2010年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
B: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,62312
ポリマ－80,8472
非ポリマー77610
水11,097616
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9858
ポリマ－40,4241
非ポリマー5617
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6384
ポリマ－40,4241
非ポリマー2143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.538, 58.554, 61.579
Angle α, β, γ (deg.)84.54, 70.82, 68.87
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 40423.723 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21 to 344 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga petrophila RKU-1 (バクテリア)
株: RKU-1 / 遺伝子: Tpet_0854 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5IL00, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: PEG8000 glycerol sodium acetate litium sulfate, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月3日
放射モノクロメーター: silicon double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→31.24 Å / Num. all: 95840 / Num. obs: 91930 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.101
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→31.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.325 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19551 4584 5 %RANDOM
Rwork0.15792 ---
obs0.1598 87311 92.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.641 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0.01 Å2-0.09 Å2
2--0.18 Å2-0.47 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→31.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5440 0 45 616 6101
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0225638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4151.9417630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2795649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.94324.463298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.32815986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2971528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1870.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0214348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5181.53261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46325275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.86532377
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.164.52355
LS精密化 シェル解像度: 1.576→1.617 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 282 -
Rwork0.292 5793 -
obs--82.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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