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- PDB-2ybu: Crystal structure of human acidic chitinase in complex with bisdi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ybu
タイトルCrystal structure of human acidic chitinase in complex with bisdionin F
要素ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / immune system process ...chitin metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / immune system process / polysaccharide catabolic process / positive regulation of chemokine production / kinase binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CX9 / Acidic mammalian chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sutherland, T.E. / Andersen, O.A. / Betou, M. / Eggleston, I.M. / Maizels, R.M. / van Aalten, D. / Allen, J.E.
引用ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2011
タイトル: Analyzing airway inflammation with chemical biology: dissection of acidic mammalian chitinase function with a selective drug-like inhibitor.
著者: Sutherland, T.E. / Andersen, O.A. / Betou, M. / Eggleston, I.M. / Maizels, R.M. / van Aalten, D. / Allen, J.E.
履歴
登録2011年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
B: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
C: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
D: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
E: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
F: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,94924
ポリマ－255,7606
非ポリマー5,18918
水20,1591119
1
A: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4914
ポリマ－42,6271
非ポリマー8653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4914
ポリマ－42,6271
非ポリマー8653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4914
ポリマ－42,6271
非ポリマー8653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4914
ポリマ－42,6271
非ポリマー8653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4914
ポリマ－42,6271
非ポリマー8653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4914
ポリマ－42,6271
非ポリマー8653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.781, 149.194, 151.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE / AMCASE / CHITINASE


分子量: 42626.621 Da / 分子数: 6 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 21-398 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LUNG / プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q9BZP6, chitinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CX9 / 3,7-DIMETHYL-1-[3-(3-METHYL-2,6-DIOXO-9H-PURIN-1-YL)PROPYL]PURINE-2,6-DIONE / BISDIONIN F / 3,7-DIMETHYL-1-[3-(3-METHYL-2,6-DIOXO-2,3,6,7-TETRAHYDRO-1H-PURIN-1-YL)PROPYL]-2,3,6,7-TETRAHYDRO-1H-PURINE-2,6-DIONE


分子量: 386.365 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N8O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE ISOFORM ASP45 ASN47 MET61

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4 / 詳細: 75% SATURATED NACL, 0.1 M HEPES PH 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 154470 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LG2

1lg2


解像度: 2.25→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.931 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21916 1544 1 %RANDOM
Rwork0.17296 ---
obs0.17343 152900 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17856 0 372 1119 19347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02218828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.891.95525722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.06352250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.25524.898882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.45152772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6481542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.22598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02114802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1211.511196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.095217988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37537632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0994.57734
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 124 -
Rwork0.264 11032 -
obs--99.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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