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万見
- PDB-1e56: Crystal structure of the inactive mutant Monocot (Maize ZMGlu1) b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+56
タイトルCrystal structure of the inactive mutant Monocot (Maize ZMGlu1) beta-glucosidase ZMGluE191D in complex with the natural substrate DIMBOA-beta-D-glucoside
要素BETA-GLUCOSIDASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDE HYDROLASE (グリコシダーゼ) / BETA-GLUCOSIDASE / FAMILY 1 / RETENTION OF THE ANOMERIC CONFIGURATION / INACTIVE MUTANT E191D / COMPLEX WITH DIMBOA-GLUCOSIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosidase activity / xylanase activity / galactosidase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase activity ...fucosidase activity / xylanase activity / galactosidase activity / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase / DIMBOA glucoside beta-D-glucosidase activity / cytokinin-activated signaling pathway / mannosidase activity / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / 葉緑体 / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース / Chem-HBO / 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside beta-D-glucosidase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種ZEA MAYS (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Czjzek, M. / Cicek, M. / Bevan, D.R. / Zamboni, V. / Henrissat, B. / Esen, A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The Mechanism of Substrate (Aglycone) Specificity in Beta -Glucosidases is Revealed by Crystal Structures of Mutant Maize Beta -Glucosidase- Dimboa, -Dimboaglc, and -Dhurrin Complexes
著者: Czjzek, M. / Cicek, M. / Zamboni, V. / Bevan, D.R. / Henrissat, B. / Esen, A.
#1: ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 1999
タイトル: Expression of Soluble and Catalytically Active Plant (Monocot) Beta-Glucosidases in E. Coli
著者: Cicek, M. / Esen, A.
履歴
登録2000年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GLUCOSIDASE
B: BETA-GLUCOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6996
ポリマ－116,9172
非ポリマー7834
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-18.5 kcal/mol
Surface area34060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.100, 95.300, 119.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.80742, 0.37907, -0.45207), (0.39842, -0.2148, -0.8917), (-0.43512, -0.90009, 0.0224)
ベクター: 57.71361, 59.92411, 77.70136)

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要素

#1: タンパク質 BETA-GLUCOSIDASE /


分子量: 58458.422 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZEA MAYS (トウモロコシ) / 株: CV. MUTIN / 組織: COLEOPTILE / Organelle: CHLOROPLAST葉緑体 / プラスミド: PET-21A / 遺伝子 (発現宿主): GLU1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYS S CELLS / 参照: UniProt: P49235, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-HBO / 2,4-DIHYDROXY-7-(METHYLOXY)-2H-1,4-BENZOXAZIN-3(4H)-ONE / (2R)-7-メトキシ-2,4-ジヒドロキシ-2H-1,4-ベンゾオキサジン-3(4H)-オン


分子量: 211.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9NO5
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A, B ENGINEERED MUTATION GLU191ASP
配列の詳細THE N- AND C-TERMINAL RESID. WERE NOT SEEN IN DENSITY MAPS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 22 % PEG 4000, 5 % ISOPROPANOL, 0.1 M HEPES PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MHEPES1reservoir
222 %PEG40001reservoir
35 %isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.1 Å / Num. obs: 58752 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 90.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E1E

1e1e


解像度: 2.1→29 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 2964 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 58739 93.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.27 Å2 / ksol: 0.3542 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7918 0 52 320 8290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0064
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.779
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSRms dev position: 0.216 Å / Weight position: 5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 283 4.6 %
Rwork0.406 4873 -
obs--85.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DIMBOA.PARAMDIMBOA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.779

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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