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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ck0 | ||||||
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タイトル | ANTI-ANTI-IDIOTYPIC ANTIBODY AGAINST HUMAN ANGIOTENSIN II, UNLIGANDED FORM | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Pan, Y.H. / Amzel, L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structures of Angiotensin II and a Phage-Display Selected Cyclic Peptide in Complex with Fab131: Making Angiotensin II Analogs 著者: Pan, Y.H. / Lee, K.H. / Li, M. / Ronco, P. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ck0.cif.gz | 94.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ck0.ent.gz | 71.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ck0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1ck0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1ck0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23904.543 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA / 参照: UniProt: P01837*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23650.486 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA / 参照: UniProt: P01869*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 16538 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.094 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→6 Å / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: GLY H131 - SER H138: THESE EIGHT RESIDUES WERE COMPLETELY DISORDERED IN THE STRUCTURE. TER ASN: THE SITE OF THE PROTEOLYSIS AT THE C TERMINUS OF THE HEAVY IS UNDEFINED, SO IT IS NOT KNOWN ...詳細: GLY H131 - SER H138: THESE EIGHT RESIDUES WERE COMPLETELY DISORDERED IN THE STRUCTURE. TER ASN: THE SITE OF THE PROTEOLYSIS AT THE C TERMINUS OF THE HEAVY IS UNDEFINED, SO IT IS NOT KNOWN WEATHER THERE ARE RESIDUES MISSING THERE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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