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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c6z | ||||||
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タイトル | ALTERNATE BINDING SITE FOR THE P1-P3 GROUP OF A CLASS OF POTENT HIV-1 PROTEASE INHIBITORS AS A RESULT OF CONCERTED STRUCTURAL CHANGE IN 80'S LOOP. | ||||||
要素 | PROTEIN (PROTEASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Munshi, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: An alternate binding site for the P1-P3 group of a class of potent HIV-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in the 80s loop of the protease. 著者: Munshi, S. / Chen, Z. / Yan, Y. / Li, Y. / Olsen, D.B. / Schock, H.B. / Galvin, B.B. / Dorsey, B. / Kuo, L.C. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1991 タイトル: Novel Binding Mode of Highly Potent HIV-Proteinase Inhibitors Incorporating the (R)-Hydroxyethylamine Isostere 著者: Krohn, A. / Redshaw, S. / Ritchie, J.C. / Graves, B.J. / Hatada, M.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c6z.cif.gz | 53.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c6z.ent.gz | 39.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c6z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/1c6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/1c6z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10801.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NY5 ISOLATE 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 遺伝子: NY5 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O09893, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ #2: 化合物 | ChemComp-ROC / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | 9X MUTANT PROTEASE HAS NINE POINT MUTATIONS COMPARED TO WILD TYPE: ...9X MUTANT PROTEASE HAS NINE POINT MUTATIONS COMPARED TO WILD TYPE: L10V,K20M,L24I,S37D,M46I,I54V,L63P,A71V,V82T THERE IS ONE PROTEASE DIMER IN AN ASYMMETRIC | 非ポリマーの詳細 | THE INHIBITOR ROC IS A HYDROXYETH | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: CRYSTALS OBTAINED BY CO-CRYSTALLIZATION AT PH 5.2, USING 0.6M NaCl AS PRECIPITATING AGENT IN 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER. PROTEIN WAS AT 5.5 MG/ML CONCENTRATION. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: inhibitor-protein mixture and the reservoir solution were mixed in a 1:1(v/v) ratio | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. all: 41654 / Num. obs: 7717 / % possible obs: 82 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 73 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 41654 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73 % / Num. unique obs: 677 / Num. measured obs: 2345 / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.18 / Rfactor obs: 0.18 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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