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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c1q | ||||||
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タイトル | RECRUITING ZINC TO MEDIATE POTENT, SPECIFIC INHIBITION OF SERINE PROTEASES | ||||||
要素 | TRYPSINトリプシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ZN(II)-MEDIATED SERINE PROTEASE INHIBITORS / PH DEPENDENCE / ZN(II) AFFINITY STUCTURE-BASED DRUG DESIGN / SERINE PROTEASE SERINE PROTEASE/INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 1.37 Å | ||||||
データ登録者 | Katz, B.A. / Luong, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: Design of potent selective zinc-mediated serine protease inhibitors. 著者: Katz, B.A. / Clark, J.M. / Finer-Moore, J.S. / Jenkins, T.E. / Johnson, C.R. / Ross, M.J. / Luong, C. / Moore, W.R. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c1q.cif.gz | 107.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c1q.ent.gz | 85.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c1q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c1q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1c1nC 1c1oC 1c1pC 1c1rC 1c1tC 1c1uC 1c1vC 1c1wC 1c2dC 1c2eC 1c2fC 1c2gC 1c2hC 1c2iC 1c2jC 1c2kC 1c2lC 1c2mC 1xufC 1xugC 1xuhC 1xuiC 1xujC 1xukC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COMPLEXED WITH (5-AMIDINO-2-BENZIMIDAZOLYL)(2-BENZIMIDAZOLYL)METHANE 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, トリプシン |
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-非ポリマー , 5種, 219分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-BAI / ( |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | HIS40 AND HIS91 ARE MONOPROTON |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 18 % |
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結晶化 | pH: 8.21 詳細: TRYPSIN-BENZAMIDINE, P3(1) 2 1 WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, AS DESCRIBED FOR P2(1) 2(1) 2(1) (LARGE CELL) (MANGEL, ET AL., BIOCHEMISTRY 29, 8351-8357, 1990) THE CRYSTAL WAS SOAKED IN A ...詳細: TRYPSIN-BENZAMIDINE, P3(1) 2 1 WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, AS DESCRIBED FOR P2(1) 2(1) 2(1) (LARGE CELL) (MANGEL, ET AL., BIOCHEMISTRY 29, 8351-8357, 1990) THE CRYSTAL WAS SOAKED IN A SOLUTION OF 0.10 M TRIS, 2.02 M MGSO4 . 7 H2O, PH 8.21, 2.0 % DMSO, SATURATED IN HEMI-BABIM OVER A PERIOD OF SEVERAL DAYS WITH SEVERAL REPLACEMENTS OF THE SOAKING SOLUTION. |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月26日 / 詳細: MSC MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→43.61 Å / Num. obs: 34963 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): 0.8 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 35.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER PLUS REFINEMENT / 解像度: 1.37→7.5 Å / 交差検証法: X-PLOR / σ(F): 1.8 詳細: BULK SOLVENT TERMS INCLUDED IN FOB FILE CREATED WITH STANDARD X-PLOR SCRIPT.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→7.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.37→1.43 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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