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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c12 | ||||||
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タイトル | INSIGHT IN ODORANT PERCEPTION: THE CRYSTAL STRUCTURE AND BINDING CHARACTERISTICS OF ANTIBODY FRAGMENTS DIRECTED AGAINST THE MUSK ODORANT TRASEOLIDE | ||||||
要素 | (PROTEIN (ANTIBODY FRAGMENT FAB)) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEX / SCFV FRAGMENT / CDRH3 / MUSK ODORANT / ODORANT SPECIFICITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Langedijk, A.C. / Spinelli, S. / Anguille, C. / Hermans, P. / Nederlof, J. / Butenandt, J. / Honegger, A. / Cambillau, C. / Pluckthun, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Insight into odorant perception: the crystal structure and binding characteristics of antibody fragments directed against the musk odorant traseolide. 著者: Langedijk, A.C. / Spinelli, S. / Anguille, C. / Hermans, P. / Nederlof, J. / Butenandt, J. / Honegger, A. / Cambillau, C. / Pluckthun, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c12.cif.gz | 94.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c12.ent.gz | 76.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c12.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c12 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a Fab monomer |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23391.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23841.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01869*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-TRZ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: PEG 8000, SODIUM ACETATE, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 15749 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 55 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 55 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.6→12 Å / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→12 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS
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