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万見
- PDB-1b35: CRICKET PARALYSIS VIRUS (CRPV) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b35
タイトルCRICKET PARALYSIS VIRUS (CRPV)
要素
  • PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1)
  • PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP2)
  • PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP3)
  • PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP4)
キーワードVIRUS (ウイルス) / INSECT PICORNA-LIKE VIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


カプシド / host cell cytoplasm / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Cricket Paralysis Virus, Vp4; Chain D / Cricket Paralysis Virus, Vp4; Chain D / Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein ...Cricket Paralysis Virus, Vp4; Chain D / Cricket Paralysis Virus, Vp4; Chain D / Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / イレギュラー / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Cricket paralysis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tate, J.G. / Liljas, L. / Scotti, P.D. / Christian, P.D. / Lin, T.W. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of cricket paralysis virus: the first view of a new virus family.
著者: Tate, J. / Liljas, L. / Scotti, P. / Christian, P. / Lin, T. / Johnson, J.E.
履歴
登録1998年12月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年3月19日Group: Other / Version format compliance
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1)
B: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP2)
C: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP3)
D: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4124
ポリマ－95,4124
非ポリマー00
水3,207178
1
A: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1)
B: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP2)
C: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP3)
D: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP4)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,724,750240
ポリマ－5,724,750240
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1)
B: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP2)
C: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP3)
D: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP4)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 477 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,06220
ポリマ－477,06220
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1)
B: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP2)
C: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP3)
D: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP4)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 572 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)572,47524
ポリマ－572,47524
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1)
B: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP2)
C: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP3)
D: PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP4)
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.43 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,431,18760
ポリマ－1,431,18760
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)330.000, 334.000, 395.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699)
3generate(-0.30901699, -0.5, -0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5)
4generate(-0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5)
5generate(0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699)
6generate(-1), (1), (-1)
7generate(-0.80901699, -0.30901699, -0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699)
8generate(-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)
9generate(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)
10generate(0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699)
11generate(-1), (-1), (1)
12generate(0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)
13generate(0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699)
14generate(0.80901699, -0.30901699, -0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699)
15generate(0.30901699, -0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5)
詳細THE ENTRY PRESENTED HERE DOES NOT CONTAIN THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT. IT MAY BE GENERATED USING THE MTRIX TRANSFORMATIONS BELOW. ALSO SEE REMARKS 295 AND 300.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1) / CRPV


分子量: 28853.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cricket paralysis virus (ウイルス) / 属: Cripavirus / 参照: UniProt: P13418
#2: タンパク質 PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP2) / CRPV


分子量: 28709.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cricket paralysis virus (ウイルス) / 属: Cripavirus / 参照: UniProt: P13418
#3: タンパク質 PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP3) / CRPV


分子量: 31917.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cricket paralysis virus (ウイルス) / 属: Cripavirus / 参照: UniProt: P13418
#4: タンパク質 PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP4) / CRPV


分子量: 5932.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cricket paralysis virus (ウイルス) / 属: Cripavirus / 参照: UniProt: P13418
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細A SALT BRIDGE IS VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS, BETWEEN RESIDUES ARG A 222 AND GLU A 112 FROM AN ...A SALT BRIDGE IS VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS, BETWEEN RESIDUES ARG A 222 AND GLU A 112 FROM AN ADJACENT, 5-FOLD RELATED COPY OF VP1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化pH: 6
詳細: VIRUS STORED AT 10MG/ML IN 200MM NAH2PO4, PH7.2. WELL SOLUTION CONSISTED OF 8% (W/V) MPEG 5K, 50MM LI2SO4, 50MM MES, PH6.0.
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlvirus1drop
2200 mMsodium phosphate1drop
38 %(w/v)mPEG50001reservoir
450 mM1reservoirLi2SO4
550 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.928
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 210945 / % possible obs: 25.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.23 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 1.06 % / Rmerge(I) obs: 0.015 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 9.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 312272 / Rmerge(I) obs: 0.128

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PLV

2plv


解像度: 2.4→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high rms absF: 10511948.71 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
詳細: RESIDUES B 253 - B 271 ARE PRESENT IN THE MODEL, BUT THE SEQUENCE OF THESE RESIDUES DOES NOT CORRESPOND TO ANY PREDICTED SEQUENCE IN THE VIRAL GENOME. THEY ARE INCLUDED ONLY TO PARTIALLY ...詳細: RESIDUES B 253 - B 271 ARE PRESENT IN THE MODEL, BUT THE SEQUENCE OF THESE RESIDUES DOES NOT CORRESPOND TO ANY PREDICTED SEQUENCE IN THE VIRAL GENOME. THEY ARE INCLUDED ONLY TO PARTIALLY MODEL THE POOR QUALITY, APPARENTLY HELICAL DENSITY ON THE VIRUS SURFACE AT THE CAPSID 2-FOLD AXES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 11742 5.6 %SPHERES
Rwork0.228 ---
obs0.228 209358 25.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.36 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6714 0 0 178 6892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 677 4.2 %
Rwork0.289 15318 -
obs--11.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5.6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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