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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ak9 | ||||||
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タイトル | SUBTILISIN MUTANT 8321 | ||||||
要素 | SUBTILISIN 8321 | ||||||
キーワード | SERINE PROTEASE / HYDROLASE / SPORULATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE MAP / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Whitlow, M. / Howard, A.J. / Wood, J.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989 タイトル: Large increases in general stability for subtilisin BPN' through incremental changes in the free energy of unfolding. 著者: Pantoliano, M.W. / Whitlow, M. / Wood, J.F. / Dodd, S.W. / Hardman, K.D. / Rollence, M.L. / Bryan, P.N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988 タイトル: The Engineering of Binding Affinity at Metal Ion Binding Sites for the Stabilization of Proteins: Subtilisin as a Test Case 著者: Pantoliano, M.W. / Whitlow, M. / Wood, J.F. / Rollence, M.L. / Finzel, B.C. / Gilliland, G.L. / Poulos, T.L. / Bryan, P.N. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1987 タイトル: Protein Engineering of Subtilisin Bpn': Enhanced Stabilization Through the Introduction of Two Cysteines to Form a Disulfide Bond 著者: Pantoliano, M.W. / Ladner, R.C. / Bryan, P.N. / Rollence, M.L. / Wood, J.F. / Poulos, T.L. #3: ジャーナル: Proteins / 年: 1986 タイトル: Proteases of Enhanced Stability: Characterization of a Thermostable Variant of Subtilisin 著者: Bryan, P.N. / Rollence, M.L. / Pantoliano, M.W. / Wood, J. / Finzel, B.C. / Gilliland, G.L. / Howard, A.J. / Poulos, T.L. #4: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1971 タイトル: Atomic Coordinates for Subtilisin Bpn' (or Novo) 著者: Alden, R.A. / Birktoft, J.J. / Kraut, J. / Robertus, J.D. / Wright, C.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ak9.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ak9.ent.gz | 49.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ak9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ak9_validation.pdf.gz | 380.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ak9_full_validation.pdf.gz | 381.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ak9_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ak9_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/1ak9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/1ak9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27539.617 Da / 分子数: 1 / 変異: T22C, M50F, S87C, G169A, Y217K, N218S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) プラスミド: PGX8321 / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): GX8321 / 参照: UniProt: P00782, subtilisin | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: CRYSTAL WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION OF 10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM GLYCINE PH 9.0 (1 MM EDTA, 25 MM CACL2 OF 50 MM KCL) AGAINST 2-PROPANOL OR ACETONE., vapor diffusion |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Bryan, P.N., (1986) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 1, 326. |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 55 % / 一般名: acetone |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1987年4月22日 / 詳細: HUBER MONOCHROMATOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→10 Å / Num. obs: 17227 / % possible obs: 78.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.0548 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.3234 / % possible all: 55.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE MAP / 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |