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- PDB-1agn: X-RAY STRUCTURE OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1agn
タイトルX-RAY STRUCTURE OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
要素HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


Ω-ヒドロキシデカン酸デヒドロゲナーゼ / omega-hydroxydecanoate dehydrogenase activity / ethanol binding / aldehyde oxidase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / fatty acid omega-oxidation / receptor antagonist activity / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent ...Ω-ヒドロキシデカン酸デヒドロゲナーゼ / omega-hydroxydecanoate dehydrogenase activity / ethanol binding / aldehyde oxidase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / fatty acid omega-oxidation / receptor antagonist activity / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / retinoid metabolic process / retinol binding / response to bacterium / response to ethanol / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / All-trans-retinol dehydrogenase [NAD(+)] ADH7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hurley, T.D. / Xie, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: X-ray structure of human class IV sigmasigma alcohol dehydrogenase. Structural basis for substrate specificity.
著者: Xie, P. / Parsons, S.H. / Speckhard, D.C. / Bosron, W.F. / Hurley, T.D.
履歴
登録1996年6月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
C: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
D: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,98834
ポリマ－159,6974
非ポリマー4,29130
水1629
1
A: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,11219
ポリマ－79,8492
非ポリマー2,26317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area26240 Å2
手法PISA
2
C: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
D: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,87615
ポリマ－79,8492
非ポリマー2,02713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area26550 Å2
手法PISA
3
A: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

D: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

B: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
C: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,98834
ポリマ－159,6974
非ポリマー4,29130
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-468 kcal/mol
Surface area58350 Å2
手法PISA
4
B: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

D: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

C: HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,98834
ポリマ－159,6974
非ポリマー4,29130
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_657-x+1,y+1/2,-z+21
Buried area10420 Å2
ΔGint-466 kcal/mol
Surface area57420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.300, 94.650, 121.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.493966, -0.859858, -0.129006), (-0.862878, 0.466538, 0.194383), (-0.106956, 0.207334, -0.972406)26.4815, 4.1028, 84.2244
2given(-0.440698, -0.839493, 0.317862), (-0.831438, 0.248262, -0.497068), (0.338372, -0.48334, -0.807395)44.90287, 91.65095, 155.93347
3given(0.413252, 0.910136, 0.029566), (0.784111, -0.372163, 0.496653), (0.463025, -0.18206, -0.867446)-12.79606, -85.18898, 101.59405

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要素

#1: タンパク質
HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE / SIGMA ADH


分子量: 39924.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE STRUCTURE CONTAINS ONE NAD+ PER SUBUNIT / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: PURCHASED FROM BOERINGER MANNHEIM (INDIANAPOLIS, IN)
遺伝子: HUMAN SIGMA CDNA (ADH7) / 器官: STOMACH / プラスミド: PKK223-3 / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN SIGMA CDNA (ADH7) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P40394, アルコールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
2100 mMcacodylate1reservoir
350-100 mMzinc acetate1reservoir
47.5 mMNAD+1reservoir
518 %(w/v)PEG60001reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月22日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 34754 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.12
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. measured all: 79865
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.5 Å / % possible obs: 83.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR精密化
R-AXISIIC (HAGASHI/RIGAKU)データ削減
精密化解像度: 3→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rfree0.305 -
Rwork0.225 -
obs0.225 32781
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11393 0 232 9 11634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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