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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a28 | ||||||
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タイトル | HORMONE-BOUND HUMAN PROGESTERONE RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN | ||||||
要素 | PROGESTERONE RECEPTORプロゲステロン受容体 | ||||||
キーワード | PROGESTERONE RECEPTOR (プロゲステロン受容体) / STEROID RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR (核内受容体) / TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / Nuclear signaling by ERBB4 ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / Nuclear signaling by ERBB4 / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / G protein-coupled receptor activity / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sigler, P.B. / Williams, S.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: Atomic structure of progesterone complexed with its receptor. 著者: Williams, S.P. / Sigler, P.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a28.cif.gz | 114.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a28.ent.gz | 89.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/1a28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/1a28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.536461, -0.825673, 0.174566), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29554.633 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: BREAST CANCER / 細胞株: T47-D / 遺伝子: PGR / プラスミド: PPR677-933 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): PGR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06401 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2% PEG 4000, 50 MM PIPES PH 6.5, 350 MM LI2SO4, THEN STABILIZED IN THE SAME BUFFER WITH 21% ETHYLENE GLYCOL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月12日 / 詳細: SILICON CRYSTAL |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 42976 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.319 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換 解像度: 1.8→40 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.73 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.208 |