English [日本語]
- EMDB-9643: Cryo-EM structure of CVA10 A-particle -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 9643
タイトルCryo-EM structure of CVA10 A-particle
マップデータ
試料Coxsackievirus A10:
virusウイルス / VP1 / VP2 / VP3
機能・相同性Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Peptidase S1, PA clan / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / AAA+ ATPase domain / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus 2B protein / Picornavirus capsid / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain ...Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Peptidase S1, PA clan / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / AAA+ ATPase domain / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus 2B protein / Picornavirus capsid / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / Viral coat protein subunit / Picornavirus/Calicivirus coat protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / 3C cysteine protease (picornain 3C) / RNA依存性RNAポリメラーゼ / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus 2B protein / Picornavirus core protein 2A / ヘリカーゼ / Poliovirus 3A protein-like / picornain 2A / pore-mediated entry of viral genome into host cell / suppression by virus of host mRNA export from nucleus / suppression by virus of host RIG-I activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / RNA-protein covalent cross-linking / host cell cytoplasmic vesicle membrane / pore formation by virus in membrane of host cell / integral to membrane of host cell / RNA helicase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / カプシド / RNA依存性RNAポリメラーゼ / induction by virus of host autophagy / suppression by virus of host gene expression / ion channel activity / protein complex oligomerization / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / cysteine-type endopeptidase activity / transcription, DNA-templated / virion attachment to host cell / structural molecule activity / RNA binding / 生体膜 / ATP binding / Genome polyprotein / Genome polyprotein / VP1
機能・相同性情報
由来Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 2.8Å分解能
データ登録者Zhu L / Sun Y / Fan JY / Zhu B / Cao L / Gao Q / Zhang YJ / Liu HR / Rao ZH / Wang XX
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2018
タイトル: Structures of Coxsackievirus A10 unveil the molecular mechanisms of receptor binding and viral uncoating.
著者: Ling Zhu / Yao Sun / Jinyan Fan / Bin Zhu / Lei Cao / Qiang Gao / Yanjun Zhang / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang
構造検証レポートPDB-ID: 6akt

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2018年9月3日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2019年1月16日 / マップ公開: 2019年1月16日 / 最新の更新: 2019年1月16日

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-6akt
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデル: PDB-6akt
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップデータ

ファイルemd_9643.map.gz (map file in CCP4 format, 186625 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
360 pix
1.35 Å/pix.
= 486. Å
360 pix
1.35 Å/pix.
= 486. Å
360 pix
1.35 Å/pix.
= 486. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面のレベル:0.12 (by author), 0.12 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.36799783 - 0.60258555
平均 (標準偏差)0.0016397686 (0.033155173)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions360360360
Origin-180.0-180.0-180.0
Limit179.0179.0179.0
Spacing360360360
セルA=B=C: 486.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z486.000486.000486.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.3680.6030.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 Coxsackievirus A10

全体名称: Coxsackievirus A10 / 構成要素数: 4

-
構成要素 #1: ウイルス, Coxsackievirus A10

ウイルス名称: Coxsackievirus A10 / クラス: VIRION / 中空か: No / エンベロープを持つか: No / 単離: SEROTYPE
生物種生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
由来(合成)発現系: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)

-
構成要素 #2: タンパク質, VP1

タンパク質名称: VP1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 33.232383 kDa
由来生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
由来(合成)発現系: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)

-
構成要素 #3: タンパク質, VP2

タンパク質名称: VP2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.783105 kDa
由来生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
由来(合成)発現系: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)

-
構成要素 #4: タンパク質, VP3

タンパク質名称: VP3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.279826 kDa
由来生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
由来(合成)発現系: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 25 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 21456
3次元再構成分解能: 2.8 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

-
原子モデル構築

得られたモデル

+
万見について

-
お知らせ

-
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る