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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 7891
タイトルNegative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3417 at post boost 2.
マップデータNegative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3417 at post boost 2
試料Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3417 at post boost 2. Serum digested and Fab purified before adding trimer.:
由来Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
実験手法単粒子再構成法 / 20Å分解能
データ登録者Ward AB / Turner HL / Nogal B
引用ジャーナル: Immunity / : 2018
タイトル: Electron-Microscopy-Based Epitope Mapping Defines Specificities of Polyclonal Antibodies Elicited during HIV-1 BG505 Envelope Trimer Immunization.
著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Lars Hangartner
要旨: Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a ...Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a barrier to fully understanding the humoral response to antigens and hinders rational vaccine design efforts. Here, we describe a method of characterizing polyclonal responses by using electron microscopy, and we applied this method to the immunization of rabbits with an HIV-1 envelope glycoprotein vaccine candidate, BG505 SOSIP.664. We detected known epitopes within the polyclonal sera and revealed how antibody responses evolved during the prime-boosting strategy to ultimately result in a neutralizing antibody response. We uncovered previously unidentified epitopes, including an epitope proximal to one recognized by human broadly neutralizing antibodies as well as potentially distracting non-neutralizing epitopes. Our method provides an efficient and semiquantitative map of epitopes that are targeted in a polyclonal antibody response and should be of widespread utility in vaccine and infection studies.
日付登録: 2018年5月23日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年6月20日 / マップ公開: 2018年9月5日 / 最新の更新: 2018年9月5日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0327
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0327
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_7891.map.gz (map file in CCP4 format, 11944 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
144 pix
2.05 Å/pix.
= 295.2 Å
144 pix
2.05 Å/pix.
= 295.2 Å
144 pix
2.05 Å/pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度
表面のレベル:0.0327 (by author), 0.0327 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.043687988 - 0.12697184
平均 (標準偏差)0.00049519754 (0.008042456)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions144144144
Origin0.0.0.
Limit143.143.143.
Spacing144144144
セルA=B=C: 295.19998 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z295.200295.200295.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.0440.1270.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 S...

全体名称: Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3417 at post boost 2. Serum digested and Fab purified before adding trimer.
構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with ...

タンパク質名称: Negative stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from rabbit 3417 at post boost 2. Serum digested and Fab purified before adding trimer.
組換発現: No
由来生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子
試料溶液試料濃度: 0.14 mg/ml / pH: 7.4
急速凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI SPIRIT
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 25 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
カメラディテクター: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 391

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 40492
3次元再構成分解能: 2 Å / 分解能の算定法: FSC 0.5 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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