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- EMDB-6990: Inner capsid of Rice Dwarf Virus with T-trimers (empty particle) -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 6990
タイトルInner capsid of Rice Dwarf Virus with T-trimers (empty particle)
マップデータ
試料Rice dwarf virus:
virusウイルス
由来Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 6.3Å分解能
データ登録者Nakamichi Y / Miyazaki N / Tsutsumi K / Higashiura A / Narita H / Murata K / Nakagawa A
引用ジャーナル: Structure / : 2019
タイトル: An Assembly Intermediate Structure of Rice Dwarf Virus Reveals a Hierarchical Outer Capsid Shell Assembly Mechanism.
著者: Yusuke Nakamichi / Naoyuki Miyazaki / Kenta Tsutsumi / Akifumi Higashiura / Hirotaka Narita / Kazuyoshi Murata / Atsushi Nakagawa
要旨: Nearly all viruses of the Reoviridae family possess a multi-layered capsid consisting of an inner layer with icosahedral T = 1 symmetry and a second-outer layer (composed of 260 copies of a trimeric ...Nearly all viruses of the Reoviridae family possess a multi-layered capsid consisting of an inner layer with icosahedral T = 1 symmetry and a second-outer layer (composed of 260 copies of a trimeric protein) exhibiting icosahedral T = 13 symmetry. Here we describe the construction and structural evaluation of an assembly intermediate of the Rice dwarf virus of the family Reoviridae stalled at the second capsid layer via targeted disruption of the trimer-trimer interaction interface in the second-layer capsid protein. Structural determination was performed by conventional and Zernike/Volta phase-contrast cryoelectron microscopy. The assembly defect second-layer capsid trimers bound exclusively to the outer surface of the innermost capsid layer at the icosahedral 3-fold axis. Furthermore, the second-layer assembly could not proceed without specific inter-trimer interactions. Our results suggest that the correct assembly pathway for second-layer capsid formation is highly controlled at the inter-layer and inter-trimer interactions.
日付登録: 2018年6月28日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年9月19日 / マップ公開: 2019年1月16日 / 最新の更新: 2019年1月16日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_6990.map.gz (map file in CCP4 format, 702465 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
560 pix
1.39 Å/pix.
= 778.4 Å
560 pix
1.39 Å/pix.
= 778.4 Å
560 pix
1.39 Å/pix.
= 778.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面のレベル:0.04 (by author), 0.04 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.03849576 - 0.18633245
平均 (標準偏差)0.0016750639 (0.009045787)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions560560560
Origin0.00.00.0
Limit559.0559.0559.0
Spacing560560560
セルA=B=C: 778.39996 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z778.400778.400778.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean-0.0380.1860.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Rice dwarf virus

全体名称: Rice dwarf virus / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: ウイルス, Rice dwarf virus

ウイルス名称: Rice dwarf virus / クラス: VIRION / 中空か: Yes / エンベロープを持つか: No / 単離: SPECIES
生物種生物種: Rice dwarf virus (イネ萎縮ウイルス)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 6
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 4 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 47000.0 X (公称値) / Cs: 0.1 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: -1000.0 - -1200.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / 温度: K ( 90.0 - 95.0 K)
カメラディテクター: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2804 / サンプリングサイズ: 14 microns

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: I (正20面体型対称) / 投影像の数: 13364
3次元再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア: RELION / 分解能: 6.3 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線
(分解能の算定)

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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