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- PDB-3gzu: VP7 recoated rotavirus DLP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gzu
タイトルVP7 recoated rotavirus DLP
要素
  • Inner capsid protein VP2
  • Intermediate capsid protein VP6
キーワードVIRUS / rotavirus / VP7 / VP6 / VP2 / 7RP / DLP / Capsid protein / Metal-binding / Virion / Zinc / Core protein / RNA-binding / Icosaderal virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral capsid alpha domain / Viral capsid alpha domain / Jelly Rolls - #170 / Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls ...Viral capsid alpha domain / Viral capsid alpha domain / Jelly Rolls - #170 / Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner capsid protein VP2 / Inner capsid protein VP2 / Intermediate capsid protein VP6
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
Rhesus Rotavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Chen, J.Z. / Settembre, E.C. / Harrison, S.C. / Grigorieff, N.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: Molecular interactions in rotavirus assembly and uncoating seen by high-resolution cryo-EM.
著者: James Z Chen / Ethan C Settembre / Scott T Aoki / Xing Zhang / A Richard Bellamy / Philip R Dormitzer / Stephen C Harrison / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Rotaviruses, major causes of childhood gastroenteritis, are nonenveloped, icosahedral particles with double-strand RNA genomes. By the use of electron cryomicroscopy and single-particle ...Rotaviruses, major causes of childhood gastroenteritis, are nonenveloped, icosahedral particles with double-strand RNA genomes. By the use of electron cryomicroscopy and single-particle reconstruction, we have visualized a rotavirus particle comprising the inner capsid coated with the trimeric outer-layer protein, VP7, at a resolution (4 A) comparable with that of X-ray crystallography. We have traced the VP7 polypeptide chain, including parts not seen in its X-ray crystal structure. The 3 well-ordered, 30-residue, N-terminal "arms" of each VP7 trimer grip the underlying trimer of VP6, an inner-capsid protein. Structural differences between free and particle-bound VP7 and between free and VP7-coated inner capsids may regulate mRNA transcription and release. The Ca(2+)-stabilized VP7 intratrimer contact region, which presents important neutralizing epitopes, is unaltered upon capsid binding.
履歴
登録2009年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / em_image_scans
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.32019年11月13日Group: Data collection / Other / カテゴリ: symmetry
Item: _symmetry.Int_Tables_number / _symmetry.space_group_name_H-M
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1571
  • Jmolによる作画
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  • PDB-3gzt との合成表示
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1571
  • + PDB-3gzt
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)770,01720
ポリマ－769,69015
非ポリマー3275
水00
1
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,201,0351200
ポリマ－46,181,413900
非ポリマー19,623300
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.85 MDa, 75 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,850,086100
ポリマ－3,848,45175
非ポリマー1,63525
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 4.62 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,620,104120
ポリマ－4,618,14190
非ポリマー1,96230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Inner capsid protein VP2


分子量: 93127.438 Da / 分子数: 2 / 断片: VP2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: B2BMF8, UniProt: B2BMD1*PLUS
#2: タンパク質
Intermediate capsid protein VP6


分子量: 44879.641 Da / 分子数: 13 / 断片: VP6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhesus Rotavirus (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P04509
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: VP7 recoated rotavirus DLP / タイプ: VIRUS / 詳細: capsid protein VP7. VP6 and VP2
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: REOVIRIDAE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Bos taurus
緩衝液名称: 20mM TrisHCl, 50mM NaCl, 2mM CaCl2 / pH: 8 / 詳細: 20mM TrisHCl, 50mM NaCl, 2mM CaCl2
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: C-flat grids
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: manual plunging at 90K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2007年12月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 58168 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 90 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM / 詳細: Kodak ISO163

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解析

CTF補正詳細: individual particle CTF
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: projection matching and refinement using FEALIGN / 解像度: 3.8 Å / 粒子像の数: 3780 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.233 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.233 Å / 倍率補正: 58168 / 詳細: projection matching by FREALIGN / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53991 0 5 0 53996

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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