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万見
- EMDB-6712: Inner capsid of Rice Dwarf Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6712
タイトルInner capsid of Rice Dwarf Virus
マップデータ
試料
  • ウイルス: Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein P3
生物種Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.43 Å
データ登録者Nakamichi Y / Miyazaki N / Tsutsumi K / Higashiura A / Murata K / Nakagawa A
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: An Assembly Intermediate Structure of Rice Dwarf Virus Reveals a Hierarchical Outer Capsid Shell Assembly Mechanism.
著者: Yusuke Nakamichi / Naoyuki Miyazaki / Kenta Tsutsumi / Akifumi Higashiura / Hirotaka Narita / Kazuyoshi Murata / Atsushi Nakagawa /
要旨: Nearly all viruses of the Reoviridae family possess a multi-layered capsid consisting of an inner layer with icosahedral T = 1 symmetry and a second-outer layer (composed of 260 copies of a trimeric ...Nearly all viruses of the Reoviridae family possess a multi-layered capsid consisting of an inner layer with icosahedral T = 1 symmetry and a second-outer layer (composed of 260 copies of a trimeric protein) exhibiting icosahedral T = 13 symmetry. Here we describe the construction and structural evaluation of an assembly intermediate of the Rice dwarf virus of the family Reoviridae stalled at the second capsid layer via targeted disruption of the trimer-trimer interaction interface in the second-layer capsid protein. Structural determination was performed by conventional and Zernike/Volta phase-contrast cryoelectron microscopy. The assembly defect second-layer capsid trimers bound exclusively to the outer surface of the innermost capsid layer at the icosahedral 3-fold axis. Furthermore, the second-layer assembly could not proceed without specific inter-trimer interactions. Our results suggest that the correct assembly pathway for second-layer capsid formation is highly controlled at the inter-layer and inter-trimer interactions.
履歴
登録2017年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月27日-
マップ公開2018年6月27日-
更新2019年1月16日-
現状2019年1月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0403
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0403
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6712.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.88 Å/pix.
x 350 pix.
= 658. Å		1.88 Å/pix.
x 350 pix.
= 658. Å		1.88 Å/pix.
x 350 pix.
= 658. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0403 / ムービー #1: 0.0403
最小 - 最大-0.005345597 - 0.118807636
平均 (標準偏差)0.014704836 (±0.021045744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 658.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.881.881.88
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z658.000658.000658.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.0050.1190.015

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rice dwarf virus (isolate O)

全体名称: Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス)
要素
  • ウイルス: Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein P3

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超分子 #1: Rice dwarf virus (isolate O)

超分子名称: Rice dwarf virus (isolate O) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 142805 / 生物種: Rice dwarf virus (isolate O) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: inner shell capsid / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Core protein P3

分子名称: Core protein P3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス)
配列文字列: MDSTGRAYDG ASEFKSVLVT EGTSHYTPVE VYNILDELKT IKITSTIAEQ SVVSRTPIPL SKIGLQDVKK LFDINVIKCG SSLRIVDEPQ VTFIVSYAKD IYDKFMCIEH DSAYEPSLTM HRVRVIYSML NDYCAKMISE VPYESSFVGE LPVKSVTLNK LGDRNMDALA ...文字列:
MDSTGRAYDG ASEFKSVLVT EGTSHYTPVE VYNILDELKT IKITSTIAEQ SVVSRTPIPL SKIGLQDVKK LFDINVIKCG SSLRIVDEPQ VTFIVSYAKD IYDKFMCIEH DSAYEPSLTM HRVRVIYSML NDYCAKMISE VPYESSFVGE LPVKSVTLNK LGDRNMDALA EHLLFEHDVV NAQRENRIFY QRKSAPAVPV IFGDDLEPAV RERANLYHRY SVPYHQIELA LHALANDLLS IQYCHPTVVY NYLSSRAPNF LRLDDQVSLK LTSAGIGTLM PRPVVQLLDY DLVYMSPLAL NNLASRLLRK ISLHLVMQMV TAVQQDLGEV VSVSSNVTNP ASACLVRMNV QGVQTLAVFI AQSMLNPNIS YGMISGLTLD CFSNFIYGAC LMLFQALIPP SALTARQRLD INNRFAYFLI KCHATQATTA RLVANQVIYP VDAIDQWQSN GRDVLVAIYN NLLPGELVLT NLIQTYFRGN TAQQAAEILI PADQTSYGAN ETRALSAPYL FGAPINMLAP DARLSTYKRD LALPDRSPIL ITTVEGQNSI SIENLRHKTG LIRAMYLNGF VTQPPAWIRN ANSNTALLSR FLDATPNLLG IYEAILANTY ANAVNVYCDS VYRADIPIEW KLHQSVDPQD LLFGVFGIVP QYQILNEAVP DFFAGGEDIL ILQLIRAVYD TLSNKLGRNP ADIFHLEEVF KVIEEIVSVL VQQKIDVRKY FTESMRSGSF SKPRWDNFLR RPVAQRLPNL YSVIMTQADH VYNYMTQLTH IIPITDCFYI VKNSGFVDRG STGPVIASSS VYENVLKVVH TIADFDAANA LRLQRRRVDN TSYTDSLSDM FNGLRSISSS EFVRSVNGRS VFTEGRIDAI KVNMRAKFDL QFITEEGGYS KPPNVKKLMF SDFLSFLDSH KSDYRPPLLT VPITIGLNNL GETNSNTLRM RSEAIDEYFS SYVGAQILVP INVVDTRVYT EFSELRNFFT GDVVIRDDPF DVWDGVKATY IPIGVHGVRL DPNGDQPPL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
2.7 mMKClpotassium chloride
81.0 mMNa2HPO4sodium hydrogen phosphate
14.7 mMKH2PO4potassium dihydrogen phosphate
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: ctffind3
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: A model made by e2initialmodel.py in EMAN2 package
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 784
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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