+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6712 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Inner capsid of Rice Dwarf Virus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Nakamichi Y / Miyazaki N / Tsutsumi K / Higashiura A / Murata K / Nakagawa A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: An Assembly Intermediate Structure of Rice Dwarf Virus Reveals a Hierarchical Outer Capsid Shell Assembly Mechanism. 著者: Yusuke Nakamichi / Naoyuki Miyazaki / Kenta Tsutsumi / Akifumi Higashiura / Hirotaka Narita / Kazuyoshi Murata / Atsushi Nakagawa / 要旨: Nearly all viruses of the Reoviridae family possess a multi-layered capsid consisting of an inner layer with icosahedral T = 1 symmetry and a second-outer layer (composed of 260 copies of a trimeric ...Nearly all viruses of the Reoviridae family possess a multi-layered capsid consisting of an inner layer with icosahedral T = 1 symmetry and a second-outer layer (composed of 260 copies of a trimeric protein) exhibiting icosahedral T = 13 symmetry. Here we describe the construction and structural evaluation of an assembly intermediate of the Rice dwarf virus of the family Reoviridae stalled at the second capsid layer via targeted disruption of the trimer-trimer interaction interface in the second-layer capsid protein. Structural determination was performed by conventional and Zernike/Volta phase-contrast cryoelectron microscopy. The assembly defect second-layer capsid trimers bound exclusively to the outer surface of the innermost capsid layer at the icosahedral 3-fold axis. Furthermore, the second-layer assembly could not proceed without specific inter-trimer interactions. Our results suggest that the correct assembly pathway for second-layer capsid formation is highly controlled at the inter-layer and inter-trimer interactions. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6712.map.gz | 60.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6712-v30.xml emd-6712.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6712.png | 65 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6712 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6712 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rice dwarf virus (isolate O)
全体 | 名称: Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Rice dwarf virus (isolate O)
超分子 | 名称: Rice dwarf virus (isolate O) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 142805 / 生物種: Rice dwarf virus (isolate O) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: inner shell capsid / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Core protein P3
分子 | 名称: Core protein P3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rice dwarf virus (isolate O) (イネ萎縮ウイルス) |
配列 | 文字列: MDSTGRAYDG ASEFKSVLVT EGTSHYTPVE VYNILDELKT IKITSTIAEQ SVVSRTPIPL SKIGLQDVKK LFDINVIKCG SSLRIVDEPQ VTFIVSYAKD IYDKFMCIEH DSAYEPSLTM HRVRVIYSML NDYCAKMISE VPYESSFVGE LPVKSVTLNK LGDRNMDALA ...文字列: MDSTGRAYDG ASEFKSVLVT EGTSHYTPVE VYNILDELKT IKITSTIAEQ SVVSRTPIPL SKIGLQDVKK LFDINVIKCG SSLRIVDEPQ VTFIVSYAKD IYDKFMCIEH DSAYEPSLTM HRVRVIYSML NDYCAKMISE VPYESSFVGE LPVKSVTLNK LGDRNMDALA EHLLFEHDVV NAQRENRIFY QRKSAPAVPV IFGDDLEPAV RERANLYHRY SVPYHQIELA LHALANDLLS IQYCHPTVVY NYLSSRAPNF LRLDDQVSLK LTSAGIGTLM PRPVVQLLDY DLVYMSPLAL NNLASRLLRK ISLHLVMQMV TAVQQDLGEV VSVSSNVTNP ASACLVRMNV QGVQTLAVFI AQSMLNPNIS YGMISGLTLD CFSNFIYGAC LMLFQALIPP SALTARQRLD INNRFAYFLI KCHATQATTA RLVANQVIYP VDAIDQWQSN GRDVLVAIYN NLLPGELVLT NLIQTYFRGN TAQQAAEILI PADQTSYGAN ETRALSAPYL FGAPINMLAP DARLSTYKRD LALPDRSPIL ITTVEGQNSI SIENLRHKTG LIRAMYLNGF VTQPPAWIRN ANSNTALLSR FLDATPNLLG IYEAILANTY ANAVNVYCDS VYRADIPIEW KLHQSVDPQD LLFGVFGIVP QYQILNEAVP DFFAGGEDIL ILQLIRAVYD TLSNKLGRNP ADIFHLEEVF KVIEEIVSVL VQQKIDVRKY FTESMRSGSF SKPRWDNFLR RPVAQRLPNL YSVIMTQADH VYNYMTQLTH IIPITDCFYI VKNSGFVDRG STGPVIASSS VYENVLKVVH TIADFDAANA LRLQRRRVDN TSYTDSLSDM FNGLRSISSS EFVRSVNGRS VFTEGRIDAI KVNMRAKFDL QFITEEGGYS KPPNVKKLMF SDFLSFLDSH KSDYRPPLLT VPITIGLNNL GETNSNTLRM RSEAIDEYFS SYVGAQILVP INVVDTRVYT EFSELRNFFT GDVVIRDDPF DVWDGVKATY IPIGVHGVRL DPNGDQPPL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.2 mm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: omega エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: ctffind3 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: A model made by e2initialmodel.py in EMAN2 package |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 784 |