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万見
- EMDB-4219: Teneurin3 monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4219
タイトルTeneurin3 monomer
マップデータTeneurin3 monomer map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Teneurin3 monomer
    • タンパク質・ペプチド: Odz3 protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homophilic cell adhesion / camera-type eye morphogenesis / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / plasma membrane => GO:0005886 / neuron development / cell adhesion molecule binding / cell projection / positive regulation of neuron projection development / membrane => GO:0016020 ...regulation of homophilic cell adhesion / camera-type eye morphogenesis / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / plasma membrane => GO:0005886 / neuron development / cell adhesion molecule binding / cell projection / positive regulation of neuron projection development / membrane => GO:0016020 / neuron projection / protein heterodimerization activity / 神経繊維 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Teneurin-3/4 / Teneurin intracellular, N-terminal / Teneurin Intracellular Region / Teneurin N-terminal domain profile. / Tox-GHH domain / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / YD repeat / Rhs repeat-associated core / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like ...Teneurin-3/4 / Teneurin intracellular, N-terminal / Teneurin Intracellular Region / Teneurin N-terminal domain profile. / Tox-GHH domain / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / YD repeat / Rhs repeat-associated core / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン
類似検索 - ドメイン・相同性
Odz3 protein / Teneurin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Janssen BJC / Meijer DHM / van Bezouwen LS
資金援助 オランダ, 2件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization125-2015 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research723.012.002 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structures of Teneurin adhesion receptors reveal an ancient fold for cell-cell interaction.
著者: Verity A Jackson / Dimphna H Meijer / Maria Carrasquero / Laura S van Bezouwen / Edward D Lowe / Colin Kleanthous / Bert J C Janssen / Elena Seiradake /
要旨: Teneurins are ancient cell-cell adhesion receptors that are vital for brain development and synapse organisation. They originated in early metazoan evolution through a horizontal gene transfer event ...Teneurins are ancient cell-cell adhesion receptors that are vital for brain development and synapse organisation. They originated in early metazoan evolution through a horizontal gene transfer event when a bacterial YD-repeat toxin fused to a eukaryotic receptor. We present X-ray crystallography and cryo-EM structures of two Teneurins, revealing a ~200 kDa extracellular super-fold in which eight sub-domains form an intricate structure centred on a spiralling YD-repeat shell. An alternatively spliced loop, which is implicated in homophilic Teneurin interaction and specificity, is exposed and thus poised for interaction. The N-terminal side of the shell is 'plugged' via a fibronectin-plug domain combination, which defines a new class of YD proteins. Unexpectedly, we find that these proteins are widespread amongst modern bacteria, suggesting early metazoan receptor evolution from a distinct class of proteins, which today includes both bacterial proteins and eukaryotic Teneurins.
履歴
登録2017年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月28日-
マップ公開2018年3月28日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6fay
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4219.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 206 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Teneurin3 monomer map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-0.8135529 - 2.1907325
平均 (標準偏差)0.0021192243 (±0.037093192)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ378378378
Spacing378378378
セルA=B=C: 389.34 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z378378378
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z389.340389.340389.340
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS378378378
D min/max/mean-0.8142.1910.002

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 1 for Teneurin3 monomer

ファイルemd_4219_half_map_1.map
注釈Half-map 1 for Teneurin3 monomer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 for Teneurin3 monomer

ファイルemd_4219_half_map_2.map
注釈Half-map 2 for Teneurin3 monomer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Teneurin3 monomer

全体名称: Teneurin3 monomer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Teneurin3 monomer
    • タンパク質・ペプチド: Odz3 protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Teneurin3 monomer

超分子名称: Teneurin3 monomer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 220 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Odz3 protein

分子名称: Odz3 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 211.429734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSFYDRISFL IGSDSTHVLP GESPFNKSLA SVIRGQVLTA DGTPLIGVNV SFLHYSEYGY TITRQDGMFD LVANGGASLT LVFERSPFL TQYHTVWIPW NVFYVMDTLV MKKEENDIPS CDLSGFVRPS PIIVSSPLST FFRSSPEDSP IIPETQVLHE E TTIPGTDL ...文字列:
GSFYDRISFL IGSDSTHVLP GESPFNKSLA SVIRGQVLTA DGTPLIGVNV SFLHYSEYGY TITRQDGMFD LVANGGASLT LVFERSPFL TQYHTVWIPW NVFYVMDTLV MKKEENDIPS CDLSGFVRPS PIIVSSPLST FFRSSPEDSP IIPETQVLHE E TTIPGTDL KLSYLSSRAA GYKSVLKITM TQAVIPFNLM KVHLMVAVVG RLFQKWFPAS PNLAYTFIWD KTDAYNQKVY GL SEAVVSV GYEYESCLDL TLWEKRTAVL QGYELDASNM GGWTLDKHHV LDVQNGILYK GNGENQFISQ QPPVVSSIMG NGR RRSISC PSCNGQADGN KLLAPVALAC GIDGSLYVGD FNYVRRIFPS GNVTSVLELS SNPAHRYYLA TDPVTGDLYV SDTN TRRIY RPKSLTGAKD LTKNAEVVAG TGEQCLPFDE ARCGDGGKAV EATLMSPKGM AIDKNGLIYF VDGTMIRKVD QNGII STLL GSNDLTSARP LTCDTSMHIS QVRLEWPTDL AINPMDNSIY VLDNNVVLQI TENRQVRIAA GRPMHCQVPG VEYPVG KHA VQTTLESATA IAVSYSGVLY ITETDEKKIN RIRQVTTDGE ISLVAGIPSE CDCKNDANCD CYQSGDGYAK DAKLNAP SS LAASPDGTLY IADLGNIRIR AVSKNKPLLN SMNFYEVASP TDQELYIFDI NGTHQYTVSL VTGDYLYNFS YSNDNDVT A VTDSNGNTLR IRRDPNRMPV RVVSPDNQVI WLTIGTNGCL KSMTAQGLEL VLFTYHGNSG LLATKSDETG WTTFFDYDS EGRLTNVTFP TGVVTNLHGD MDKAITVDIE SSSREEDVSI TSNLSSIDSF YTMVQDQLRN SYQIGYDGSL RIFYASGLDS HYQTEPHVL AGTANPTVAK RNMTLPGENG QNLVEWRFRK EQAQGKVNVF GRKLRVNGRN LLSVDFDRTT KTEKIYDDHR K FLLRIAYD TSGHPTLWLP SSKLMAVNVT YSSTGQIASI QRGTTSEKVD YDSQGRIVSR VFADGKTWSY TYLEKSMVLL LH SQRQYIF EYDMWDRLSA ITMPSVARHT MQTIRSIGYY RNIYNPPESN ASIITDYNEE GLLLQTAFLG TSRRVLFKYR RQT RLSEIL YDSTRVSFTY DETAGVLKTV NLQSDGFICT IRYRQIGPLI DRQIFRFSED GMVNARFDYS YDNSFRVTSM QGVI NETPL PIDLYQFDDI SGKVEQFGKF GVIYYDINQI ISTAVMTYTK HFDAHGRIKE IQYEIFRSLM YWITIQYDNM GRVTK REIK IGPFANTTKY AYEYDVDGQL QTVYLNEKIM WRYNYDLNGN LHLLNPSSSA RLTPLRYDLR DRITRLGDVQ YRLDED GFL RQRGTEIFEY SSKGLLTRVY SKGSGWTVIY RYDGLGRRVS SKTSLGQHLQ FFYADLTYPT RITHVYNHSS SEITSLY YD LQGHLFAMEI SSGDEFYIAS DNTGTPLAVF SSNGLMLKQI QYTAYGEIYF DSNVDFQLVI GFHGGLYDPL TKLIHFGE R DYDILAGRWT TPDIEIWKRI GKDPAPFNLY MFRNNNPASK IHDVKDYITD VNSWLVTFGF HLHNAIPGFP VPKFDLTEP SYELVKSQQW EDVPPIFGVQ QQVARQAKAF LSLGKMAEVQ VSRRKAGAEQ SWLWFATVKS LIGKGVMLAV SQGRVQTNVL NIANEDCIK VAAVLNNAFY LENLHFTIEG KDTHYFIKTT TPESDLGTLR LTSGRKALEN GINVTVSQST TVVNGRTRRF A DVEMQFGA LALHVRYGMT LDEEKARILE QARQRALARA WAREQQRVRD GEEGARLWTE GEKRQLLSAG KVQGYDGYYV LS VEQYPEL ADSANNIQFL RQSEIGKRAS AAAHHHHHH

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 9
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMCHES
150.0 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 435755
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: An initial model was generated using cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 100000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 287402
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6fb3


詳細: We have used PDB 6FB3 (same publication) as a template model using Modeller v9.16 followed by manual rebuilding in Coot and real-space refinement using Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 126
得られたモデル

PDB-6fay:
Teneurin3 monomer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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