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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30375 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Apple Latent Spherical Virus (ALSV) | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cheravirus / capsid stabilization / genome release / single particle cryo-EM / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | Viral coat protein subunit / 108K polyprotein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Apple latent spherical virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Naitow H / Hamaguchi T | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Apple latent spherical virus structure with stable capsid frame supports quasi-stable protrusions expediting genome release. 著者: Hisashi Naitow / Tasuku Hamaguchi / Saori Maki-Yonekura / Masamichi Isogai / Nobuyuki Yoshikawa / Koji Yonekura / 要旨: Picorna-like plant viruses are non-enveloped RNA spherical viruses of ~30 nm. Part of the survival of these viruses depends on their capsid being stable enough to harbour the viral genome and yet ...Picorna-like plant viruses are non-enveloped RNA spherical viruses of ~30 nm. Part of the survival of these viruses depends on their capsid being stable enough to harbour the viral genome and yet malleable enough to allow its release. However, molecular mechanisms remain obscure. Here, we report a structure of a picorna-like plant virus, apple latent spherical virus, at 2.87 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) with a cold-field emission beam. The cryo-EM map reveals a unique structure composed of three capsid proteins Vp25, Vp20, and Vp24. Strikingly Vp25 has a long N-terminal extension, which substantially stabilises the capsid frame of Vp25 and Vp20 subunits. Cryo-EM images also resolve RNA genome leaking from a pentameric protrusion of Vp24 subunits. The structures and observations suggest that genome release occurs through occasional opening of the Vp24 subunits, possibly suppressed to a low frequency by the rigid frame of the other subunits. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30375.map.gz | 479.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30375-v30.xml emd-30375.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30375.png | 95.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30375.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30375 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30375 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30375.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Apple latent spherical virus
全体 | 名称: Apple latent spherical virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Apple latent spherical virus
超分子 | 名称: Apple latent spherical virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: ALSV was purified and isolated from infected Chenopodium quinoa leaf. NCBI-ID: 101688 / 生物種: Apple latent spherical virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Malus domestica (リンゴ) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: VP20 protein
分子 | 名称: VP20 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Apple latent spherical virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 19.957994 KDa |
配列 | 文字列: GACLSIPNFP VHITGKTQQL HVGPKPSIAR FSFNPFDLGT VFNRFQSLCA HLEGYSGDLI VNWLVTCSAL TNARLYIIPV YDNYSFEKF SEEKLIQCKY EFKQISLVRK GTVHIPFVNW FGSYSRTRFP KLLFYFPNGV SGPSGEKIHV TVQLDRILNF S GLGHRLFK EIGPLVGE UniProtKB: 108K polyprotein |
-分子 #2: VP24 protein
分子 | 名称: VP24 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Apple latent spherical virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.575467 KDa |
配列 | 文字列: GSDPFSFLLN YSHCGTLVES SLNKGGMWCV PVSPVNLAAY TLQGEALVFN DAFVSKTHNW LHFMASTTAY WRGTLHYQMR VTYKDRNAA CRNLVAFYTT NNESLFGFNN KPVGDTGISS VMGDSFSVDI TVPFLIPTCY LQTIRGKFDY LNSCNGCIYF H LPTKSATS ...文字列: GSDPFSFLLN YSHCGTLVES SLNKGGMWCV PVSPVNLAAY TLQGEALVFN DAFVSKTHNW LHFMASTTAY WRGTLHYQMR VTYKDRNAA CRNLVAFYTT NNESLFGFNN KPVGDTGISS VMGDSFSVDI TVPFLIPTCY LQTIRGKFDY LNSCNGCIYF H LPTKSATS VQLWVRPGQD FDFARFRLLK AGYT UniProtKB: 108K polyprotein |
-分子 #3: VP25 protein
分子 | 名称: VP25 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Apple latent spherical virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.098459 KDa |
配列 | 文字列: GPDFTKIIWP TVVERNFSNP QSEITTTLQE LYGDTFETVS ICPPQSYGGE LLKGKIFFSS TPEFTREDLV EGKILASFKL DEVLSGLGM GAMLMTQIMS GHATIRVSAK VMLSKFCSFA LKLVYDELMQ LNSDTTDFGK ISVLPGAIFS TQEEEFSFDF E LFSPGVHL ...文字列: GPDFTKIIWP TVVERNFSNP QSEITTTLQE LYGDTFETVS ICPPQSYGGE LLKGKIFFSS TPEFTREDLV EGKILASFKL DEVLSGLGM GAMLMTQIMS GHATIRVSAK VMLSKFCSFA LKLVYDELMQ LNSDTTDFGK ISVLPGAIFS TQEEEFSFDF E LFSPGVHL KFDNNKLLGK VHLAALSAPN LTENMPESFS CTFNFSIVDV KTTFYNIGQ UniProtKB: 108K polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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糖包埋 | 材質: ice | ||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE | ||||||||
詳細 | In practice, the sample concentration is 1-2 mg/ml. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 8.5 e/Å2 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8018 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-7chk: |