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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22203 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the sodium leak channel NALCN-FAM155A complex | |||||||||
マップデータ | Sharpened map used for model refinement | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / sodium channel activity / voltage-gated sodium channel activity / monoatomic ion channel complex / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport ...positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / leak channel activity / regulation of resting membrane potential / sodium channel activity / voltage-gated sodium channel activity / monoatomic ion channel complex / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport / monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / calcium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Kschonsak M / Chua HC / Noland CL / Weidling C / Clairfeuille T / Bahlke OO / Ameen AO / Li ZR / Arthur CP / Ciferri C ...Kschonsak M / Chua HC / Noland CL / Weidling C / Clairfeuille T / Bahlke OO / Ameen AO / Li ZR / Arthur CP / Ciferri C / Pless SA / Payandeh J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure of the human sodium leak channel NALCN. 著者: Marc Kschonsak / Han Chow Chua / Cameron L Noland / Claudia Weidling / Thomas Clairfeuille / Oskar Ørts Bahlke / Aishat Oluwanifemi Ameen / Zhong Rong Li / Christopher P Arthur / Claudio ...著者: Marc Kschonsak / Han Chow Chua / Cameron L Noland / Claudia Weidling / Thomas Clairfeuille / Oskar Ørts Bahlke / Aishat Oluwanifemi Ameen / Zhong Rong Li / Christopher P Arthur / Claudio Ciferri / Stephan Alexander Pless / Jian Payandeh / 要旨: Persistently depolarizing sodium (Na) leak currents enhance electrical excitability. The ion channel responsible for the major background Na conductance in neurons is the Na leak channel, non- ...Persistently depolarizing sodium (Na) leak currents enhance electrical excitability. The ion channel responsible for the major background Na conductance in neurons is the Na leak channel, non-selective (NALCN). NALCN-mediated currents regulate neuronal excitability linked to respiration, locomotion and circadian rhythm. NALCN activity is under tight regulation and mutations in NALCN cause severe neurological disorders and early death. NALCN is an orphan channel in humans, and fundamental aspects of channel assembly, gating, ion selectivity and pharmacology remain obscure. Here we investigate this essential leak channel and determined the structure of NALCN in complex with a distinct auxiliary subunit, family with sequence similarity 155 member A (FAM155A). FAM155A forms an extracellular dome that shields the ion-selectivity filter from neurotoxin attack. The pharmacology of NALCN is further delineated by a walled-off central cavity with occluded lateral pore fenestrations. Unusual voltage-sensor domains with asymmetric linkages to the pore suggest mechanisms by which NALCN activity is modulated. We found a tightly closed pore gate in NALCN where the majority of missense patient mutations cause gain-of-function phenotypes that cluster around the S6 gate and distinctive π-bulges. Our findings provide a framework to further study the physiology of NALCN and a foundation for discovery of treatments for NALCN channelopathies and other electrical disorders. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22203.map.gz | 165.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22203-v30.xml emd-22203.xml | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22203.png | 40.4 KB | ||
その他 | emd_22203_additional.map.gz | 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22203 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22203 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22203_validation.pdf.gz | 588.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22203_full_validation.pdf.gz | 588.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22203_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22203_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22203 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22203 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map used for model refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.824 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: non-sharpened map
ファイル | emd_22203_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | non-sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NALCN in complex with FAM155A
全体 | 名称: NALCN in complex with FAM155A |
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要素 |
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-超分子 #1: NALCN in complex with FAM155A
超分子 | 名称: NALCN in complex with FAM155A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: NALCN, FAM155A, UNC80 and UNC79 co-expressed and NALCN-FAM155A co-purified |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-分子 #1: Sodium leak channel non-selective protein
分子 | 名称: Sodium leak channel non-selective protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: TYR287 modeled with sulfonation (TYS) as the EM density indicates a post-translational modification of this residue. コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 206.341641 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT ...文字列: MLKRKQSSRV EAQPVTDFGP DESLSDNADI LWINKPWVHS LLRICAIISV ISVCMNTPMT FEHYPPLQYV TFTLDTLLMF LYTAEMIAK MHIRGIVKGD SSYVKDRWCV FDGFMVFCLW VSLVLQVFEI ADIVDQMSPW GMLRIPRPLI MIRAFRIYFR F ELPRTRIT NILKRSGEQI WSVSIFLLFF LLLYGILGVQ MFGTFTYHCV VNDTKPGNVT WNSLAIPDTH CSPELEEGYQ CP PGFKCMD LEDLGLSRQE LGYSGFNEIG TSIFTVYEAA SQEGWVFLM(TYS) RAIDSFPRWR SYFYFITLIF FLAWLVKNV FIAVIIETFA EIRVQFQQMW GSRSSTTSTA TTQMFHEDAA GGWQLVAVDV NKPQGRAPAC LQKMMRSSVF HMFILSMVTV DVIVAASNY YKGENFRRQY DEFYLAEVAF TVLFDLEALL KIWCLGFTGY ISSSLHKFEL LLVIGTTLHV YPDLYHSQFT Y FQVLRVVR LIKISPALED FVYKIFGPGK KLGSLVVFTA SLLIVMSAIS LQMFCFVEEL DRFTTFPRAF MSMFQILTQE GW VDVMDQT LNAVGHMWAP VVAIYFILYH LFATLILLSL FVAVILDNLE LDEDLKKLKQ LKQSEANADT KEKLPLRLRI FEK FPNRPQ MVKISKLPSD FTVPKIRESF MKQFIDRQQQ DTCCLLRSLP TTSSSSCDHS KRSAIEDNKY IDQKLRKSVF SIRA RNLLE KETAVTKILR ACTRQRMLSG SFEGQPAKER SILSVQHHIR QERRSLRHGS NSQRISRGKS LETLTQDHSN TVRYR NAQR EDSEIKMIQE KKEQAEMKRK VQEEELRENH PYFDKPLFIV GREHRFRNFC RVVVRARFNA SKTDPVTGAV KNTKYH QLY DLLGLVTYLD WVMIIVTICS CISMMFESPF RRVMHAPTLQ IAEYVFVIFM SIELNLKIMA DGLFFTPTAV IRDFGGV MD IFIYLVSLIF LCWMPQNVPA ESGAQLLMVL RCLRPLRIFK LVPQMRKVVR ELFSGFKEIF LVSILLLTLM LVFASFGV Q LFAGKLAKCN DPNIIRREDC NGIFRINVSV SKNLNLKLRP GEKKPGFWVP RVWANPRNFN FDNVGNAMLA LFEVLSLKG WVEVRDVIIH RVGPIHGIYI HVFVFLGCMI GLTLFVGVVI ANFNENKGTA LLTVDQRRWE DLKSRLKIAQ PLHLPPRPDN DGFRAKMYD ITQHPFFKRT IALLVLAQSV LLSVKWDVED PVTVPLATMS VVFTFIFVLE VTMKIIAMSP AGFWQSRRNR Y DLLVTSLG VVWVVLHFAL LNAYTYMMGA CVIVFRFFSI CGKHVTLKML LLTVVVSMYK SFFIIVGMFL LLLCYAFAGV VL FGTVKYG ENINRHANFS SAGKAITVLF RIVTGEDWNK IMHDCMVQPP FCTPDEFTYW ATDCGNYAGA LMYFCSFYVI IAY IMLNLL VAIIVENFSL FYSTEEDQLL SYNDLRHFQI IWNMVDDKRE GVIPTFRVKF LLRLLRGRLE VDLDKDKLLF KHMC YEMER LHNGGDVTFH DVLSMLSYRS VDIRKSLQLE ELLAREQLEY TIEEEVAKQT IRMWLKKCLK RIRAKQQQSC SIIHS LRES QQQELSRFLN PPSIETTQPS EDTNANSQDN SMQPETSSQQ QLLSPTLSDR GGSRQDAADA GKPQRKFGQW RLPSAP KPI SHSVSSVNLR FGGRTTMKSV VCKMNPMTDA ASCGSEVKKW WTRQLTVESD ESGDDLLDIG GGSGGWSHPQ FEKGGGS GG GSGGSAWSHP QFEKGSGDYK DDDDKGNSDY KDDDDK |
-分子 #2: Transmembrane protein FAM155A
分子 | 名称: Transmembrane protein FAM155A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 54.205004 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRARDK EHQQQQRQQQ QQQQQQRQR QQQQQQRRQQ EPSWPALLAS MGESSPAAQA HRLLSASSSP TLPPSPGDGG GGGGKGNRGK DDRGKALFLG N SAKPVWRL ...文字列: MTRGAWMCRQ YDDGLKIWLA APRENEKPFI DSERAQKWRL SLASLLFFTV LLSDHLWFCA EAKLTRARDK EHQQQQRQQQ QQQQQQRQR QQQQQQRRQQ EPSWPALLAS MGESSPAAQA HRLLSASSSP TLPPSPGDGG GGGGKGNRGK DDRGKALFLG N SAKPVWRL ETCYPQGASS GQCFTVENAD AVCARNWSRG AAGGDGQEVR SKHPTPLWNL SDFYLSFCNS YTLWELFSGL SS PNTLNCS LDVVLKEGGE MTTCRQCVEA YQDYDHHAQE KYEEFESVLH KYLQSEEYSV KSCPEDCKIV YKAWLCSQYF EVT QFNCRK TIPCKQYCLE VQTRCPFILP DNDEVIYGGL SSFICTGLYE TFLTNDEPEC CDVRREEKSN NPSKGTVEKS GSCH RTSLT VSSATRLCNS RLKLCVLVLI LLHTVLTASA AQNTAGLSFG GINTLEENST NEEGGSGGSD YKDDDDKGNS DYKDD DDK |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...
分子 | 名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: PEV |
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分子量 | 理論値: 720.012 Da |
Chemical component information | ChemComp-PEV: |
-分子 #5: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
分子 | 名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PGV |
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分子量 | 理論値: 749.007 Da |
Chemical component information | ChemComp-PGV: |
-分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | sample was gently cross-linked with 0.05% EM-grade glutaraldehyde for 10 min at room temperature and quenched with 0.09 M TRIS pH 7.5 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15080 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 49.967 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-6xiw: |