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- PDB-6mcp: L. pneumophila effector kinase LegK7 (AMP-PNP bound) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mcp
タイトルL. pneumophila effector kinase LegK7 (AMP-PNP bound) in complex with human MOB1A
要素
  • LegK7
  • MOB kinase activator 1A
キーワードTRANSFERASE / translocated effector / Ser/Thr protein kinase / allosteric activation / Hippo pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


hippo signaling / Signaling by Hippo / protein kinase activator activity / positive regulation of protein phosphorylation / extracellular exosome / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein kinase domain containing protein / MOB kinase activator 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Beyrakhova, K.A. / Xu, C. / Boniecki, M.T. / Cygler, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-48370 カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: TheLegionellakinase LegK7 exploits the Hippo pathway scaffold protein MOB1A for allostery and substrate phosphorylation.
著者: Lee, P.C. / Beyrakhova, K. / Xu, C. / Boniecki, M.T. / Lee, M.H. / Onu, C.J. / Grishin, A.M. / Machner, M.P. / Cygler, M.
履歴
登録2018年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LegK7
B: MOB kinase activator 1A
C: LegK7
D: MOB kinase activator 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,02233
ポリマ－164,7084
非ポリマー4,31429
水1,964109
1
A: LegK7
B: MOB kinase activator 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,61017
ポリマ－82,3542
非ポリマー2,25615
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area31810 Å2
手法PISA
2
C: LegK7
D: MOB kinase activator 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,41216
ポリマ－82,3542
非ポリマー2,05814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area30670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.860, 112.430, 155.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 11 through 45 or (resid 46...
21(chain C and ((resid 11 through 12 and (name N...
12(chain B and (resid 32 through 37 or (resid 38...
22(chain D and (resid 32 or (resid 33 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSTHRTHR(chain A and (resid 11 through 45 or (resid 46...AA11 - 454 - 38
121GLNGLNLEULEU(chain A and (resid 11 through 45 or (resid 46...AA46 - 4739 - 40
131ALAALAASNASN(chain A and (resid 11 through 45 or (resid 46...AA10 - 5293 - 522
141ALAALAASNASN(chain A and (resid 11 through 45 or (resid 46...AA10 - 5293 - 522
151ALAALAASNASN(chain A and (resid 11 through 45 or (resid 46...AA10 - 5293 - 522
161ALAALAASNASN(chain A and (resid 11 through 45 or (resid 46...AA10 - 5293 - 522
211LYSLYSASNASN(chain C and ((resid 11 through 12 and (name N...CC11 - 124 - 5
221LYSLYSASNASN(chain C and ((resid 11 through 12 and (name N...CC11 - 5294 - 522
231LYSLYSASNASN(chain C and ((resid 11 through 12 and (name N...CC11 - 5294 - 522
241LYSLYSASNASN(chain C and ((resid 11 through 12 and (name N...CC11 - 5294 - 522
251LYSLYSASNASN(chain C and ((resid 11 through 12 and (name N...CC11 - 5294 - 522
112ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 32 through 37 or (resid 38...BB32 - 373 - 8
122SERSERSERSER(chain B and (resid 32 through 37 or (resid 38...BB389
132ASNASNSERSER(chain B and (resid 32 through 37 or (resid 38...BB31 - 2132 - 184
142ASNASNSERSER(chain B and (resid 32 through 37 or (resid 38...BB31 - 2132 - 184
152ASNASNSERSER(chain B and (resid 32 through 37 or (resid 38...BB31 - 2132 - 184
162ASNASNSERSER(chain B and (resid 32 through 37 or (resid 38...BB31 - 2132 - 184
212ALAALAALAALA(chain D and (resid 32 or (resid 33 and (name...DD323
222GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 32 or (resid 33 and (name...DD334
232ALAALAGLYGLY(chain D and (resid 32 or (resid 33 and (name...DD32 - 2123 - 183
242ALAALAGLYGLY(chain D and (resid 32 or (resid 33 and (name...DD32 - 2123 - 183
252ALAALAGLYGLY(chain D and (resid 32 or (resid 33 and (name...DD32 - 2123 - 183
262ALAALAGLYGLY(chain D and (resid 32 or (resid 33 and (name...DD32 - 2123 - 183
272ALAALAGLYGLY(chain D and (resid 32 or (resid 33 and (name...DD32 - 2123 - 183

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 LegK7


分子量: 60684.215 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 11-530 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg1924 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZU83, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 MOB kinase activator 1A / Mob1 alpha / Mob1A / Mob1 homolog 1B / Mps one binder kinase activator-like 1B


分子量: 21669.703 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MOB1A, C2orf6, MOB4B, MOBK1B, MOBKL1B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8S9

-
非ポリマー , 7種, 138分子

#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 21% PEG600, 0.2 M sodium chloride, 20 mM succinate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.668 Å / Num. obs: 61056 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.091 % / Biso Wilson estimate: 57.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 11.26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.565.0080.9731.8644560.691.087100
2.56-2.645.090.8332.1943670.7920.928100
2.64-2.715.3020.6542.8842760.8750.72699.8
2.71-2.85.2650.5323.5541410.9070.59199.8
2.8-2.895.2210.4224.2740550.950.46999.9
2.89-2.995.1420.355.0738900.9590.3999.8
2.99-3.14.8960.2716.0737750.970.30399.9
3.1-3.235.1530.2237.6336040.980.24899.9
3.23-3.375.0410.1589.9734680.990.17799.6
3.37-3.545.1240.12112.5433220.9930.13599.8
3.54-3.735.3090.09215.3431260.9960.10299.9
3.73-3.955.1850.07318.2429930.9970.08199.8
3.95-4.235.060.0620.7827940.9980.06799.9
4.23-4.564.6910.05322.3326360.9980.05999.1
4.56-55.020.04623.8323930.9990.05299.9
5-5.594.9590.04823.2321930.9980.05399.7
5.59-6.465.1480.0523.1319500.9990.05599.9
6.46-7.914.9120.04325.9216230.9980.04899.7
7.91-11.184.7170.03431.5912870.9990.03999.3
11.18-48.6684.9840.03533.867070.9990.03997.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MCQ

6mcq


解像度: 2.5→48.668 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 3053 5 %
Rwork0.1943 --
obs0.1962 61014 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 203.9 Å2 / Biso mean: 74.9598 Å2 / Biso min: 27.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→48.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10943 0 275 109 11327
Biso mean--90.56 55.95 -
残基数----1391
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3036X-RAY DIFFRACTION7.036TORSIONAL
12C3036X-RAY DIFFRACTION7.036TORSIONAL
21B1060X-RAY DIFFRACTION7.036TORSIONAL
22D1060X-RAY DIFFRACTION7.036TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.5390.35571350.315825742709100
2.539-2.58070.31321390.289226412780100
2.5807-2.62510.31271390.277626262765100
2.6251-2.67290.32571400.261926582798100
2.6729-2.72430.2911350.22925592694100
2.7243-2.77990.24831400.225526662806100
2.7799-2.84030.27761360.226925902726100
2.8403-2.90640.2881390.241826372776100
2.9064-2.97910.25541400.229726572797100
2.9791-3.05960.29611370.240226052742100
3.0596-3.14960.3021390.233326402779100
3.1496-3.25130.28361400.225326442784100
3.2513-3.36740.25971380.217726322770100
3.3674-3.50220.25241370.20226092746100
3.5022-3.66160.24511400.201626482788100
3.6616-3.85450.25641390.186226462785100
3.8545-4.09590.21961400.167826472787100
4.0959-4.4120.18791370.15342605274299
4.412-4.85560.19871410.148626892830100
4.8556-5.55740.20131390.169726302769100
5.5574-6.99840.23011400.200626632803100
6.9984-48.67760.17131430.17092695283899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.52470.14890.59094.73980.58083.6153-0.25190.2468-0.0337-0.13250.2865-0.4359-0.22360.3073-0.02150.3432-0.11380.04390.315-0.03530.2594100.623555.7753.3828
23.8623-0.25811.45671.3736-0.06784.4008-0.15550.21970.2153-0.1364-0.00640.0979-0.3699-0.08810.1830.3869-0.05160.01710.2974-0.01830.391685.567752.967249.8009
31.7434-0.141-0.08942.50220.58031.4322-0.0011-0.13420.08660.06840.03830.3789-0.108-0.1832-0.07350.3104-0.01230.03310.28330.02470.357955.803954.086566.7063
43.23271.17-0.97482.83950.68792.2248-0.1830.1572-0.2942-0.12120.17550.01680.1803-0.0556-0.01510.3546-0.04350.0090.2510.02790.44263.891524.999760.9906
55.3023-3.3637-0.48522.6547-0.9557.1571-0.0254-0.65010.1088-0.08160.76050.8111-0.2753-0.418-0.68040.56030.08140.05650.80140.07591.005538.651261.488521.9113
66.46860.09311.10273.3816-0.2984.93480.0626-0.98760.0629-0.00270.05550.2095-0.3741-0.5615-0.13620.42260.07970.04720.66170.01210.518352.71958.163624.2341
73.7597-0.9291-0.7061.2564-0.06321.46180.10690.45390.4594-0.0837-0.0069-0.3297-0.25750.0537-0.1380.5231-0.00510.02830.5082-0.00330.522582.72359.9228.2533
85.6822-0.9065-1.85923.5222-0.84924.0045-0.4051-0.0534-0.7163-0.02030.29390.16280.3653-0.06360.10980.54520.01430.09110.4708-0.0620.813675.780231.0614.2733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 104 )A10 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 258 )A105 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 259 through 529 )A259 - 529
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B'B31 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 11 through 104 )C11 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 105 through 253 )C105 - 253
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 254 through 529 )C254 - 529
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D'D32 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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