+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mcq | ||||||
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Title | L. pneumophila effector kinase LegK7 in complex with human MOB1A | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / translocated effector / Ser/Thr protein kinase / allosteric activation / Hippo pathway | ||||||
Function / homology | Function and homology information hippo signaling / Signaling by Hippo / protein kinase activator activity / protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of protein phosphorylation / extracellular exosome / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.57 Å | ||||||
Authors | Beyrakhova, K.A. / Xu, C. / Boniecki, M.T. / Cygler, M. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: TheLegionellakinase LegK7 exploits the Hippo pathway scaffold protein MOB1A for allostery and substrate phosphorylation. Authors: Lee, P.C. / Beyrakhova, K. / Xu, C. / Boniecki, M.T. / Lee, M.H. / Onu, C.J. / Grishin, A.M. / Machner, M.P. / Cygler, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mcq.cif.gz | 580.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mcq.ent.gz | 478.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mcq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/6mcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/6mcq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 60684.215 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 11-530 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: lpg1924 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q5ZU83, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Protein | Mass: 21669.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 33-216 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MOB1A, C2orf6, MOB4B, MOBK1B, MOBKL1B / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9H8S9 |
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-Non-polymers , 5 types, 142 molecules
#3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PG4 / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 23% PEG600, 0.1 M lithium chloride, 20 mM succinate, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.57→49.493 Å / Num. obs: 57771 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.058 % / Biso Wilson estimate: 58.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.72 / Num. measured all: 292177 / Scaling rejects: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.57→49.493 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 193.59 Å2 / Biso mean: 72.2474 Å2 / Biso min: 28.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.57→49.493 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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