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- PDB-6mcq: L. pneumophila effector kinase LegK7 in complex with human MOB1A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mcq
タイトルL. pneumophila effector kinase LegK7 in complex with human MOB1A
要素
  • LegK7
  • MOB kinase activator 1A
キーワードTRANSFERASE / translocated effector / Ser/Thr protein kinase / allosteric activation / Hippo pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


hippo signaling / Signaling by Hippo / protein kinase activator activity / protein serine/threonine kinase activator activity / extracellular exosome / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein kinase domain containing protein / MOB kinase activator 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Beyrakhova, K.A. / Xu, C. / Boniecki, M.T. / Cygler, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-48370 カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2020
タイトル: TheLegionellakinase LegK7 exploits the Hippo pathway scaffold protein MOB1A for allostery and substrate phosphorylation.
著者: Lee, P.C. / Beyrakhova, K. / Xu, C. / Boniecki, M.T. / Lee, M.H. / Onu, C.J. / Grishin, A.M. / Machner, M.P. / Cygler, M.
履歴
登録2018年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年3月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.42020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LegK7
B: MOB kinase activator 1A
C: LegK7
D: MOB kinase activator 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,35530
ポリマ-164,7084
非ポリマー3,64726
2,090116
1
A: LegK7
B: MOB kinase activator 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,91019
ポリマ-82,3542
非ポリマー2,55617
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: LegK7
D: MOB kinase activator 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,44411
ポリマ-82,3542
非ポリマー1,0919
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.400, 113.100, 157.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 LegK7


分子量: 60684.215 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 11-530 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg1924 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZU83, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 MOB kinase activator 1A / Mob1 alpha / Mob1A / Mob1 homolog 1B / Mps one binder kinase activator-like 1B


分子量: 21669.703 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MOB1A, C2orf6, MOB4B, MOBK1B, MOBKL1B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8S9

-
非ポリマー , 5種, 142分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 23% PEG600, 0.1 M lithium chloride, 20 mM succinate, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→49.493 Å / Num. obs: 57771 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.058 % / Biso Wilson estimate: 58.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.72 / Num. measured all: 292177 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.57-2.644.930.8741.8220942425542480.7480.9899.8
2.64-2.715.280.7332.3121990417241650.810.81599.8
2.71-2.795.2860.5812.9521399405340480.8720.64699.9
2.79-2.875.2370.4943.4820336387938830.9050.55100
2.87-2.975.1930.4224.0219750380938030.9320.4799.8
2.97-3.075.0560.3464.7118665369236920.9450.386100
3.07-3.194.8740.2675.7117196353235280.9620.399.9
3.19-3.325.2040.217.5417808342634220.9780.23499.9
3.32-3.474.8670.1668.815969329232810.9840.18699.7
3.47-3.635.1890.12411.3616336315431480.9920.13899.8
3.63-3.835.1720.09913.3615413297829800.9940.11100
3.83-4.065.0140.08215.8814244284828410.9960.09299.8
4.06-4.344.8670.0717.0812975267926660.9960.07899.5
4.34-4.694.6670.06218.3611332243624280.9960.0799.7
4.69-5.144.8240.05919.2611124230723060.9970.066100
5.14-5.755.0150.05819.0410316206020570.9980.06599.9
5.75-6.645.180.05919.199510183918360.9970.06699.8
6.64-8.134.8710.04921.187618156715640.9980.05599.8
8.13-11.494.8210.03725.255795120712020.9980.04299.6
11.49-49.4935.140.0427.1534596876730.9980.04598

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.57→49.493 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 2884 5 %
Rwork0.1985 54831 -
obs0.2009 57715 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.59 Å2 / Biso mean: 72.2474 Å2 / Biso min: 28.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→49.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11120 0 230 116 11466
Biso mean--88.12 59.08 -
残基数----1403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56415693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3146980
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.57-2.61210.32991360.287926022738100
2.6121-2.65710.35471370.294225962733100
2.6571-2.70540.34341370.281525972734100
2.7054-2.75750.31931370.278725892726100
2.7575-2.81380.33041360.271326122748100
2.8138-2.87490.28781360.262425812717100
2.8749-2.94180.31171370.25825992736100
2.9418-3.01540.29391380.235426182756100
3.0154-3.09690.27481360.241225922728100
3.0969-3.1880.2521360.237925862722100
3.188-3.29090.28051380.236126302768100
3.2909-3.40850.28181380.24126202758100
3.4085-3.54490.30151370.220825972734100
3.5449-3.70620.27791380.20626292767100
3.7062-3.90150.23721370.188126022739100
3.9015-4.14580.20621380.172626162754100
4.1458-4.46570.18981360.153825942730100
4.4657-4.91480.21041390.152826362775100
4.9148-5.62510.19721380.168726272765100
5.6251-7.08370.27761400.197926522792100
7.0837-49.50210.1821390.15712656279599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.65010.89690.93484.35261.31183.1533-0.10910.014-0.0169-0.16830.1584-0.1825-0.28190.2991-0.01010.4087-0.1036-0.0210.3813-0.00320.2925100.316756.003354.3482
23.3707-0.20021.12760.9314-0.48533.1202-0.07770.14820.1671-0.1437-0.07570.1101-0.1591-0.15030.13150.4332-0.0123-0.03770.3176-0.03210.348884.660952.983150.4458
31.44640.1237-0.12172.51380.2551.9862-0.0177-0.0770.0552-0.11420.10390.2887-0.1696-0.1794-0.0780.3227-0.01150.00990.2970.03240.307758.99254.779664.7358
49.29611.136-2.69510.28850.23943.02510.4559-0.23750.26820.5812-0.091.5920.0624-1.0015-0.42210.65880.06960.15461.0191-0.05521.223536.862953.57283.2764
52.65331.4687-0.62463.00550.32782.4873-0.06380.1088-0.1541-0.08310.2056-0.02790.1387-0.0361-0.15620.3765-0.0476-0.03210.27220.03810.420363.346624.981461.9801
65.8243-2.0676-0.57245.07550.16663.8482-0.0537-0.21670.0024-0.01290.34110.6297-0.063-0.5303-0.28370.39320.0571-0.05460.61070.09190.551639.804460.664219.0497
75.12011.38571.37013.2361.18474.6418-0.0034-0.49730.14220.1560.0352-0.0215-0.3964-0.2777-0.04330.41220.14640.04280.47520.06850.390656.799958.887528.3974
82.9164-0.554-0.38512.0986-0.14641.65690.07590.35440.3005-0.1092-0.0148-0.441-0.22630.4012-0.06920.4372-0.0130.0060.5514-0.01770.516383.430559.96958.1909
94.7826-1.3114-1.45072.4986-0.43282.5353-0.2749-0.2665-0.51930.08320.26230.01590.2690.02180.00870.50680.077-0.0090.4063-0.05090.645376.083130.51314.2886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 104 )A10 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 262 )A105 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 263 through 479 )A263 - 479
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 480 through 528 )A480 - 528
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B'B31 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 11 through 130 )C11 - 130
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 131 through 258 )C131 - 258
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 259 through 529 )C259 - 529
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D'D32 - 213

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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