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Yorodumi- PDB-3qkt: Rad50 ABC-ATPase with adjacent coiled-coil region in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qkt | ||||||
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Title | Rad50 ABC-ATPase with adjacent coiled-coil region in complex with AMP-PNP | ||||||
Components | DNA double-strand break repair rad50 ATPase | ||||||
Keywords | REPLICATION / RecA-like fold / coiled-coils / ATPase / ATP binding / DNA binding / Mre11 | ||||||
Function / homology | Function and homology information double-strand break repair / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pyrococcus furiosus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Williams, G.J. / Williams, R.S. / Arvai, A. / Moncalian, G. / Tainer, J.A. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: ABC ATPase signature helices in Rad50 link nucleotide state to Mre11 interface for DNA repair. Authors: Williams, G.J. / Williams, R.S. / Williams, J.S. / Moncalian, G. / Arvai, A.S. / Limbo, O. / Guenther, G. / Sildas, S. / Hammel, M. / Russell, P. / Tainer, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qkt.cif.gz | 568.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qkt.ent.gz | 469.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qkt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3qkt_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3qkt_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 3qkt_validation.xml.gz | 59.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3qkt_validation.cif.gz | 84.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qkt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3qkrC 3qksC 3qkuC 1us8S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38608.617 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 1-177, 726-882 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus furiosus (archaea) / Gene: rad50, PF1167 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P58301, Hydrolases; Acting on acid anhydrides #2: Chemical | ChemComp-ANP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE RAD50 ABC-ATPASE CONSTRUCT CONSISTS OF UNP RESIDUES 1-177 AND 726-882 CONNECTED BY AN ...THE RAD50 ABC-ATPASE CONSTRUCT CONSISTS OF UNP RESIDUES 1-177 AND 726-882 CONNECTED BY AN ENGINEERED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 100 mM Tris, 100 mM sodium chloride, 16-18% PEG550 MME, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 12.3.1 / Wavelength: 1.11 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→87.995 Å / Num. all: 107886 / Num. obs: 105235 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 25.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.9219 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 81.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1US8 Resolution: 1.9→49.651 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.944 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→49.651 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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