PDB-3qkt: Rad50 ABC-ATPase with adjacent coiled-coil region in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qkt

タイトル

Rad50 ABC-ATPase with adjacent coiled-coil region in complex with AMP-PNP

要素

DNA double-strand break repair rad50 ATPase

キーワード

REPLICATION / RecA-like fold / coiled-coils / ATPase / ATP binding / DNA binding / Mre11

機能・相同性

機能・相同性情報

double-strand break repair / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Williams, G.J. / Williams, R.S. / Arvai, A. / Moncalian, G. / Tainer, J.A.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: ABC ATPase signature helices in Rad50 link nucleotide state to Mre11 interface for DNA repair.
著者: Williams, G.J. / Williams, R.S. / Williams, J.S. / Moncalian, G. / Arvai, A.S. / Limbo, O. / Guenther, G. / Sildas, S. / Hammel, M. / Russell, P. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2011年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qkt.cif.gz	568.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qkt.ent.gz	469.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qkt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3qkt_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qkt_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3qkt_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	3qkt_validation.cif.gz	84.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qkt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3qkrC 3qksC 3qkuC 1us8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1c8m-d 4wm8-d 4zjm-d 1h8t-d 2x5i-d 1fpn-d 6mcp-1 6bys-5 2qcs-d 3nel-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

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「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
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類似性 (1)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

B: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

C: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

D: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

B: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

D: DNA double-strand break repair rad50 ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.390, 108.517, 150.366
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA double-strand break repair rad50 ATPase / Rad50 ABC-ATPase 分子量: 38608.617 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-177, 726-882 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: rad50, PF1167 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P58301, 加水分解酵素; 酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER 分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE RAD50 ABC-ATPASE CONSTRUCT CONSISTS OF UNP RESIDUES 1-177 AND 726-882 CONNECTED BY AN ...THE RAD50 ABC-ATPASE CONSTRUCT CONSISTS OF UNP RESIDUES 1-177 AND 726-882 CONNECTED BY AN ENGINEERED LINKER (GGSGG)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 100 mM Tris, 100 mM sodium chloride, 16-18% PEG550 MME, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.11
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→87.995 Å / Num. all: 107886 / Num. obs: 105235 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.9219 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1US8

1us8

解像度: 1.9→49.651 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2436	5287	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1921	-	-	-
obs	0.1947	105157	97.47 %	-
all	-	102496	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.944 Å² / k_sol: 0.314 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7719 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.6648 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.8929 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.651 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10535	0	128	935	11598

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10829
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.97	14580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.551	4262
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1651
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1812

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9003-1.9219	0.3379	134	0.3266	2309	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9219-1.9445	0.3212	159	0.2719	2754	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9445-1.9682	0.2875	158	0.2361	3075	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9682-1.9931	0.2815	185	0.2186	3244	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9931-2.0194	0.2508	176	0.2082	3311	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0194-2.047	0.2421	166	0.1993	3394	X-RAY DIFFRACTION	99
2.047-2.0763	0.25	178	0.2001	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0763-2.1073	0.2591	178	0.1993	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1073-2.1402	0.286	181	0.2023	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1402-2.1753	0.2531	192	0.1921	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1753-2.2128	0.2628	176	0.2039	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2128-2.253	0.3122	161	0.2469	3290	X-RAY DIFFRACTION	97
2.253-2.2964	0.2922	173	0.2306	3318	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2964-2.3432	0.2613	187	0.1864	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3432-2.3942	0.2304	179	0.1832	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3942-2.4499	0.2361	160	0.1811	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4499-2.5111	0.2513	164	0.1886	3403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5111-2.579	0.2606	178	0.1935	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.579-2.6549	0.2293	214	0.1932	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6549-2.7406	0.2222	192	0.1983	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7406-2.8385	0.274	203	0.2028	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8385-2.9522	0.264	179	0.2001	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9522-3.0865	0.2149	152	0.1936	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0865-3.2492	0.2651	188	0.184	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2492-3.4527	0.227	160	0.1813	3450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4527-3.7193	0.2409	194	0.1739	3413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7193-4.0934	0.2276	172	0.1681	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0934-4.6853	0.1954	190	0.1551	3477	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6853-5.9015	0.218	183	0.1701	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9015-49.6683	0.2347	175	0.2078	3540	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2348	0.4856	-0.2749	1.2242	1.0779	2.9419	0.088	0.346	-0.331	-0.2034	0.0569	0.2592	0.2989	-0.0824	0.0918	0.1994	0.0208	-0.0374	0.2551	-0.056	0.2732	12.7236	9.5452	-17.6503
2	0.8563	0.2151	-0.7807	1.9324	0.7726	1.1897	0.4588	0.8832	-0.1558	-1.0391	-0.2962	0.6218	0.1064	-0.5854	0.1172	0.2741	0.0287	-0.1519	0.428	-0.0646	0.2961	5.0143	17.1032	-22.5732
3	0.4943	0.3259	-0.3219	1.1414	0.6096	3.3384	0.0282	0.0705	-0.2021	-0.0825	-0.0553	-0.0501	0.0353	0.19	-0.0022	0.1652	0.0119	-0.0401	0.1912	-0.0151	0.1851	15.3833	15.4764	-12.4649
4	0.4781	0.4075	-0.9373	2.7517	-0.8232	2.1911	0.1679	-0.4703	-0.2557	0.8507	-0.2017	0.3425	0.0132	1.2901	-0.0208	0.253	0.1575	0.0121	0.4288	0.0504	0.335	25.9252	11.8558	-6.6798
5	1.9969	-0.0086	-0.5072	1.289	1.5242	1.835	-0.2475	0.4482	-0.4393	-0.3803	-0.1878	-0.4253	0.6282	-0.0191	0.1157	0.2299	0.0336	-0.002	0.3194	-0.1007	0.2379	18.0953	9.5873	-21.2204
6	0.423	0.0251	-0.0255	0.5907	0.0981	0.5488	-0.0042	0.3082	-0.2788	-0.2989	-0.397	0.2075	0.9961	0.0638	0.2054	0.3859	0.1346	0.0748	0.3255	-0.0098	0.2553	23.2497	4.6993	-19.2085
7	0.0172	0.2379	0.1841	4.1124	0.5056	5.9712	-0.0273	0.6145	0.2404	0.0707	-0.1866	-0.4561	0.6303	-0.0885	0.4399	0.327	0.3619	0.2495	0.8586	0.1492	0.6429	30.351	0.6279	-17.235
8	2.0804	0.6426	0.3446	0.9955	0.649	0.7598	-0.2774	0.5465	-0.2786	-0.4316	0.2648	-0.0983	-0.5835	0.174	0.1671	0.2925	0.1147	-0.0297	0.6775	-0.1094	0.2177	22.0225	9.3692	-34.0769
9	1.9271	-1.3452	-2.0337	2.9285	1.5268	2.1197	-0.2734	-0.5984	-0.3805	-0.0344	0.9306	-0.6921	-0.0556	0.4674	-0.227	0.3243	-0.0337	-0.0033	0.5748	-0.1142	0.2872	28.8045	16.8958	-26.3329
10	1.1506	-0.4833	0.3447	1.3167	0.7317	0.785	-0.1321	-0.1226	0.0064	0.1773	0.0053	-0.1208	-0.2363	0.1456	-0.0557	0.2004	-0.0095	-0.0355	0.2019	0.0157	0.1603	20.7165	28.0166	-11.518
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54	0.8932	0.116	-0.0029	3.363	0.2679	1.3249	0.25	-0.2501	0.0125	0.4512	-0.2345	0.0107	0.7816	-0.3731	0.1768	0.2788	-0.0077	0.0124	0.207	0.0174	0.1938	-8.2077	64.9719	14.538
55	1.3701	0.2905	0.1556	1.7202	0.8206	2.0055	-0.1995	-0.0012	-0.2128	-0.0694	0.0445	-0.0831	0.5096	0.0641	0.1022	0.2786	0.0637	0.0584	0.1475	0.0599	0.2197	-3.1207	61.9583	4.7393
56	1.3883	-0.1381	-0.966	1.5785	0.7907	0.9202	-0.0785	-0.224	0.113	0.2585	0.0853	0.1469	0.1022	0.1294	0.0147	0.2168	0.0129	0.0302	0.2086	-0.0036	0.2196	-7.8213	76.3706	14.2945
57	0.068	-0.1886	-0.112	1.1927	0.1656	0.3856	0.0106	-0.0765	-0.0686	0.0848	-0.17	0.3525	-0.1784	-0.2938	0.1452	0.2133	-0.0272	0.0521	0.2716	-0.0231	0.3188	-18.8516	74.6554	6.9975
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80	2.6025	0.2253	-0.9553	0.357	1.0423	4.1115	-0.0837	0.5541	-0.282	-0.2251	-0.2904	0.8018	0.9683	-0.3616	-0.1182	0.2224	-0.1641	-0.1526	0.4246	-0.0703	0.412	-21.0075	67.293	-20.2694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:17)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 18:25)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 26:52)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 53:60)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 61:82)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 83:91)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 92:97)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 98:113)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 114:127)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 128:150)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 151:164)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 165:177)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 178:744)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 745:767)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 768:778)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 779:827)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 828:840)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 841:848)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 849:873)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 874:882)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 1:6)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 7:53)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 54:62)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 63:86)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 87:102)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 103:121)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 122:147)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 148:160)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 161:731)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 732:739)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 740:757)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 758:762)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 763:776)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 777:791)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 792:814)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 815:828)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 829:842)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 843:861)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 862:874)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 875:882)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 1:7)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 8:23)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 24:48)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain C and resid 49:62)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain C and resid 63:98)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain C and resid 99:108)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain C and resid 109:122)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain C and resid 123:143)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain C and resid 144:150)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain C and resid 151:164)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain C and resid 165:173)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain C and resid 174:727)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain C and resid 728:740)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain C and resid 741:760)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain C and resid 761:796)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain C and resid 797:824)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain C and resid 825:846)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain C and resid 847:867)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain C and resid 868:874)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain C and resid 875:882)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain D and resid 1:7)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain D and resid 8:23)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain D and resid 24:58)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain D and resid 59:67)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(chain D and resid 68:87)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(chain D and resid 88:107)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	(chain D and resid 108:127)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	(chain D and resid 128:146)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	(chain D and resid 147:156)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	(chain D and resid 157:728)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	(chain D and resid 729:736)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	(chain D and resid 737:760)
73	X-RAY DIFFRACTION	73	(chain D and resid 761:777)
74	X-RAY DIFFRACTION	74	(chain D and resid 778:792)
75	X-RAY DIFFRACTION	75	(chain D and resid 793:814)
76	X-RAY DIFFRACTION	76	(chain D and resid 815:829)
77	X-RAY DIFFRACTION	77	(chain D and resid 830:845)
78	X-RAY DIFFRACTION	78	(chain D and resid 846:870)
79	X-RAY DIFFRACTION	79	(chain D and resid 871:876)
80	X-RAY DIFFRACTION	80	(chain D and resid 877:882)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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