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- EMDB-11581: Outer Dynein Arm-Shulin complex - Dyh3 motor region (Tetrahymena ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11581
タイトルOuter Dynein Arm-Shulin complex - Dyh3 motor region (Tetrahymena thermophila)
マップデータMain map of Dyh3 motor region (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). -135 angstrom auto-sharpened map.
試料
  • 複合体: Tetrahymena thermophila ODA Dyh3 motor region (includes Shulin C3 finger)
    • タンパク質・ペプチド: Dynein heavy chain, outer arm protein
    • タンパク質・ペプチド: Shulin樹林区
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / 微小管 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Uncharacterized protein C20orf194-like / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail ...Uncharacterized protein C20orf194-like / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein heavy chain, outer arm protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物) / Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Mali GR / Abid Ali F / Lau CK / Begum F / Boulanger J / Howe JD / Chen ZA / Rappsilber J / Skehel M / Carter AP
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Shulin packages axonemal outer dynein arms for ciliary targeting.
著者: Girish R Mali / Ferdos Abid Ali / Clinton K Lau / Farida Begum / Jérôme Boulanger / Jonathan D Howe / Zhuo A Chen / Juri Rappsilber / Mark Skehel / Andrew P Carter /
要旨: The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to ...The main force generators in eukaryotic cilia and flagella are axonemal outer dynein arms (ODAs). During ciliogenesis, these ~1.8-megadalton complexes are assembled in the cytoplasm and targeted to cilia by an unknown mechanism. Here, we used the ciliate to identify two factors (Q22YU3 and Q22MS1) that bind ODAs in the cytoplasm and are required for ODA delivery to cilia. Q22YU3, which we named Shulin, locked the ODA motor domains into a closed conformation and inhibited motor activity. Cryo-electron microscopy revealed how Shulin stabilized this compact form of ODAs by binding to the dynein tails. Our findings provide a molecular explanation for how newly assembled dyneins are packaged for delivery to the cilia.
履歴
登録2020年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月3日-
マップ公開2021年2月3日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zyy
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11581.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map of Dyh3 motor region (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). -135 angstrom auto-sharpened map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.0685079 - 0.081861466
平均 (標準偏差)8.226947e-06 (±0.0012662504)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 499.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z499.500499.500499.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.0690.0820.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11581_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_11581_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Additional map of Dyh3 motor region (resampled on...

ファイルemd_11581_additional_1.map
注釈Additional map of Dyh3 motor region (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). -75 angstrom manually sharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional map of Dyh3 motor region (resampled on...

ファイルemd_11581_additional_2.map
注釈Additional map of Dyh3 motor region (resampled on a full-length ODA-Shulin structure from a smaller subset of particles using EMDA). -200 angstrom manually sharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of Dyh3 motor region map (Z-flipped, non-resampled)

ファイルemd_11581_half_map_1.map
注釈Half map 2 of Dyh3 motor region map (Z-flipped, non-resampled)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of Dyh3 motor region map (Z-flipped, non-resampled)

ファイルemd_11581_half_map_2.map
注釈Half map 1 of Dyh3 motor region map (Z-flipped, non-resampled)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrahymena thermophila ODA Dyh3 motor region (includes Shulin C3...

全体名称: Tetrahymena thermophila ODA Dyh3 motor region (includes Shulin C3 finger)
要素
  • 複合体: Tetrahymena thermophila ODA Dyh3 motor region (includes Shulin C3 finger)
    • タンパク質・ペプチド: Dynein heavy chain, outer arm protein
    • タンパク質・ペプチド: Shulin樹林区
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Tetrahymena thermophila ODA Dyh3 motor region (includes Shulin C3...

超分子名称: Tetrahymena thermophila ODA Dyh3 motor region (includes Shulin C3 finger)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 1.8 MDa

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分子 #1: Dynein heavy chain, outer arm protein

分子名称: Dynein heavy chain, outer arm protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
株: SB210
分子量理論値: 534.328812 KDa
配列文字列: MLSSKYSKRI AWMKTTICDS LQLKDMIVEE SFQYEKNKNL LEQFLSGEGL NKIFAYYQVQ EQAQNDDIKD TGAQDPVLFF TTGDLEKIQ DKAVWFLRIT NPADDKKKAS QQDGNDNDII FGEITPNTVP MLNALMESVY SRQIDHIITE KIQFWGVAEE E QVLEFQQH ...文字列:
MLSSKYSKRI AWMKTTICDS LQLKDMIVEE SFQYEKNKNL LEQFLSGEGL NKIFAYYQVQ EQAQNDDIKD TGAQDPVLFF TTGDLEKIQ DKAVWFLRIT NPADDKKKAS QQDGNDNDII FGEITPNTVP MLNALMESVY SRQIDHIITE KIQFWGVAEE E QVLEFQQH SNKFSSEVRE AINLMSPGTE HFKLDYEAIS GLSESEKMQH YEMKFNEWIN LISSQLNDDS EVRKDEKDAG PA TELIYWR SRMQKITNWS EQLKSKDFQI VKASLQRHKN HDNQRPRGDE SLSKLMMEYN RLDLLLTDKL NEAKDNVKYL TTL EKFIEP LYNGTPQQII DTLPALMNAI KMIHTIARFY NTTDKMTGLF IKITNQMIKN CKDRILNKKD NGDNPSLYKM IWEQ DPAEL IEVLGSCIKL YCEYKKCYND TKEKVADMPK GKTFDFSDAQ IFGKFDTFVR RLQKLIEIFS NIQQFNALAK HNLEG MDVL TNKFKKIIDD FKKKGHNLLD TANNKFDRDW VEFNVEISHL DGELQNFIDN NFNRFRNIEY SLKLLHKFQS TIKRDS LKH NLTSRYNAIL HNYATELDTI QRVFQDQKSN PPLVRNMPPE AGKIIWARHL FQKITGPINI FPENVINSTE IRRYYGS YN TLGKQLTIYE MWFYQDWVNK IEQSKAALQA TLIVRHDENK KLYVNFDLEI MQLIREAKCL DRQGIEIPES ARIILLQE D KFKTYYNELL YALKEYERIN SKIKPICKNL LLPHIEDLDL KLRPGMVTLT WTSMNIESYL YYVHQGLKKL EQLIINVND IIENRIENNL KTVSKVVLVH LPQDTKPLSL DSFVQLQEEY INSKTDFLTS KNVEVERAVD DLLQTIMLYP LDPHVDPVLP EETKRIKRY YFWYFYQALL NSTQNSLNAM KYRVCGKKIP GANTLQNLKP FFQVEVQLNG DKVTLNPSLQ EIQKSINRAA T AVLRCSKH LYNWDQQNKD STDKATFYDM IACDKEIVKV ILLLTGSIQG TKNKVNEFLS GFTKFEWLCK ESIQESIKKF SK NGPTLQN YEDQLKKFSQ IEEEIEKIVP TYKIGAMELM THNICTSLST WAKEWKLQYS QDLHKRARQL LDSLTEQTKM LST KLSKPV KDIDSLGYVM ETLEQIRKEQ AEIDMKFNPV QEMYSLLDNY LPGGITDKDE MDARSLLRRN WDILIQQAEI KGKE YQHKQ AIYLKELKQS IKDFTNQVSI FRRDYEKNGP MVEGISPAEA MERLRRFEDE YDVKYQMYKI NARGENLFGL QNQKY PELE KTDAEIKNLN KLYNLYDSVI KNIQQFKEKS WQDVSKDDLA KMEEDAGKYG EQCSRLPKDL KEWQAYRDLK NYIDSL REQ LPLIISLKKP SIMPRHWEKI KEITNTKLNY ENPDQFYIEE IMGAKLLDFR EDIEDITESA DKQLKIRTGL DEINLYW ND MQFQFGIWGK RDVPCMLNGL IVGTILERLE EDQLQLSTFN SQRHVTPFKA EVENLIRTFS DVNDTLDMWV KVQKLWTS L EPVFTGGDIA RQMPLQAKQF QGIDKNWMKI MEKAVETKKV IPCCQNDMLK DFLPDLNRKL EDCQKMLEAY LEGKRKKFP RFYFVSNPTL LKILSQGSEP TSIQEDFEKL FDAITKVTFE SAKDKKNPAL KQITQIQQVI GRNEENISLT GYYVKCEGNI EDWLKKLEQ NMQQTLKDIA SAAAQQVFQV GLKEFVSSQA SQIALLGLQI LWTSKVNEGL ERLSRNERNA MDIKRNEIKE H MNILSSMC LEDLNGAVER TKVETLVTIQ VHQKDISMDL KCKDVNDFEW QKQTRIAWKT DIDECIISIT DWDSPYSYEF LG AKERLCI TPLTDRCYIT LAQAMSMYYG GAPAGPAGTG KTETVKDLGR TLGVFVVVTN CSDQHRYRDM AKIFKGLVQS GLW GCFDEF NRIDLEVLSV VAMQVESITT ARKQHMKKFM FPEEEIEIEL IPTVSYFITM NPGYAGRQEL PENLKVLFRG VSMM VPDRE IIIKVKLASV GYLQIDLLAK KFNVLYRLCE EQLSKQRHYD FGLRNILSVL RTAGNTKRQE IKSDEEMLLM RSLRD MNLS KLVADDIPLF NGLLADIFPK LKEVPKKLYP DVEKKIPEEI NAESYLINTP SFQLKIIQLY ETCLVRHGFM LVGPTG SGK STIMKILTEV LTKLGSPHKI VIMNPKAITA EQMYGVKSEI SDDWIPGVFS TIWAKSNNRA LKHTTWITCD GPVDAIW IE NLNTVLDDNK ILTLANGERI AMTENCKVVF EVENLNNASP ATVSRCGQVY VSPTDLGYEA VIEGWIRNRK ASGRAEES D KLGNILRKYL INMRFIELQS KECKEPMMDT SPVISVINIL NLLTGCLQYF VQTQRTLSEQ EYEKFIVYSM AWAIGGIYE AQDRVRFHEL LLAKNAPIPQ KGKENETVFD YYVSQDYLDW KICSPEEWVP PQSLQFSQLL LPTLDSFRAE MLLNFILTQP KSHTCSNSA LLIGGSGTAK TSSVLLYCNK FDPQKMLFKR TNFSSATSPF MFQSTIEAEC DFKVGKEFAP PGNKMMTIFI D DMSMPFVN KWGDQITLEL VRQLIETGGF YMLDKTQRGN QRKMKNLQYI GAMNHPGGGR NDIPNRLKRQ FFIFNMILPL SI EGIYGPI IKHMFKQKYF SDSTYKVIES LTSATIALWN KVKSTMLPTP AKFHYVFNMR ELSRIFKGIL TCKKDTINDA PKS MKIKPE LFLVGLWRHE AERVLADKLV NNKDKDTVMG YIQEVSLESF SQIENEILEK YSSEKTFLFC DFLRPDVINE DGII EEEAP KIYEAIDSLT ELRKRCNFLL SFYNDRNPSK KMPLVLFDDA LKHLLRISRI IRQPRSSGLL VGVGGSGKQS LTRLA GFIG KNLIQQIIVT KTYSDKDLKE DIKKGFDDAG HLGKQVTFLM TDSEVKKEEF LEYINMVLST GEIPNLLAKD EREVWL GDI SQAYCKEKNL GNIDPPQSEL WTYFVDRVRD NFHIMLCFSP VGQKFRERAR KFPALFNECT IDWFLPWPEE ALVSVAE TF IKNFDKLDTK EETKQELMKH MGNVHLMVNE ICDEYYQKMR RQVYVTPKSF LSYLNSYKTL YIEKYDELDQ QEESFKIG L NKIQEATITI NQMEISLKEE EIQLNEATEK TNQLLANLDK ESKKANQKGE EVAATNKQCE IQAEQISKEK EEAERELEA ALPALRRAQE AVDSIESKDI VELKANKKPL DIIKYIMDAV LVFFKARLIP IQIEERVFNK KEGKAVLFLK ESYDESGIQT LGDMNFMKK LKEFEKDSIN EETIELLEPY LNQSEDWFND TFATKASKAA AGILKWAFAI YEYHQKSKIV KPKRIQVAIA E GRQAIALK ELEKAREDLA QIQAYIKNLK DVYTKQMEEK NELEMKAAKT KKKINTARTL ITSLSGEKDR WGKGAQDISD QK RKLVGNV SLSTAFISYC GPFNAEYRNK LAQQRFVVDM KKRGVPVTPG LELTSFLIDD ATIGEWNLQG LPKDDLSIQN GIM VTNSAR YPLFIDPQGQ GQNWIRNKLS ASIIPERCIT TLSHPKFKDM FLKYCMESGL TLIVENIENE VDPMMDPVLE RQII VKGKT QFVNVAGTEM ELSKEFKLFM TCRLANPSFS PELSAKTTII DFTVTQSGLE QQLLGKVISK EQKALEDSLN QLLAD VNQN QKDLQRLDKN LLERLINSQG NLLDDTELMD VLNNTKTQAK EVAAKLIDAE IKTKEINEKR EQYRPVAIRG SAIYFT MIE VSLVNWMYNS SLEQFLKLFI ESIDLSEKAQ LPSNRVKNII SFLTFHVYRY VNRGLFEKDK ITFILMMAFK ILTTAGT IS SGDVSLFLKS GDALDIKSER QKQISYLEDN QWLNILALSK HTFSGQTLPF FKELPDLISR SENQWRNWID KNDPENFP I PDFAESINQE KEIGSFISLC LVRSLRNDRT LIATQNFISN VLGKEFTDPI SYPIEGIWQE SSNMDPVLFL LSAGADPTS SIDELAKKKK KFPCEKVSMG EGQERVARQV IMKGFVEGGW VILQNCHLGL KFMEEIETLV SPINQIHEDF RLWITCEQHP KFPLGLLQK TLKVTNEPPK GLKAGLYKTF TTIITQEFID KVDHSNWRSL IFTICFLHSI VIERKKFGPL GWCVPYEYNY S DLEASLLY IEKYLTNLMS TPQPNSHNLP ISMNVVRYMI CEVQYGGRIT DDLDRELFIT YGETYLKDGI FGNDYFFYDI MV DGSGQKF KYRIPQNPSA ELIKYQEYIA KVPTVDNPEV FGLHSNADLT FRLKESKEMI NTVMETRPKD SSVGGGKTRE EIV QDKAKD MLKNLPPDYN DVEVRELVSK LGGPNPKTST ERGMTVPLNI FLYQEVTRMQ RVIGLVRKTL QDTILAIDGQ IIMT PEILE AINAIYDAKV PNSWLYDPSG AEISWLLPNL GSWSTSLSDR NKQLNDWLRS GQRPILFWLT GFFNPQGFLT GMKQE VTRN HKKGDGKGGE AWSLDDVVYS TTVKEREKEK DIEQPPAEGV YIKGLYLEGC KWSKNGLDDS DPKKIFADLP ILHVSA INK KKTNEQDRMS NTYLCPVYKY PKRTDKYLIF RVGLPCEGSN NPSHWKLRGV ALLCSTE

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分子 #2: Shulin

分子名称: Shulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (strain SB210) (真核生物)
株: SB210
分子量理論値: 139.935781 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFNFFSSANI NQNIPKYSVN DFVFRLKKIE KIVVKEGLDG FLLINGVDSR ENTEYVKLTN WLFLGNSGLE IEENEYLNQI YSDMIVLIK KGTTHIFIDP EALNSLQTLI YSIPNVDVFC PTEKQYEDKD EMELLKMAFF LRVMKPTKKV GILLGQKDKG K INSIEKWP ...文字列:
MFNFFSSANI NQNIPKYSVN DFVFRLKKIE KIVVKEGLDG FLLINGVDSR ENTEYVKLTN WLFLGNSGLE IEENEYLNQI YSDMIVLIK KGTTHIFIDP EALNSLQTLI YSIPNVDVFC PTEKQYEDKD EMELLKMAFF LRVMKPTKKV GILLGQKDKG K INSIEKWP LIQSYGLEEL GVGFFSMNHE VVDLTLRLNA VYKNYDKFFV SKLIYVVAKR LTGHFNSAAG QLGDMKMHKR NL ATESQLT EIFRDTYEIE EISKWVQIRG VNAALPKPRV LFGKNTSADC SKEPSVAPLK DLKYSETFHS FHATFETFDL RTC LRAART YFLAKGVKEE RNLITLNDDE GVPQGYELNI DENQQYKDQD FLANLYLSII IGFNEVMQLI TKDYKNMTEE FIQD YIFQK VSKVYAGFQI PESEITLDKI QIILKAYNSF GEEVKIDFKD TISFKLTPYF FMVRIEQKNI KSQILNNTVL GSLVF AESF ILQEGCYLLL TKEIPYFDLW NCQNDYSEKI EKMKKRILWE PLGKQISDEL PKNRIFVQTG RKSNYGFDIP IMQASY YMH ELGLRIETQR LGWFILFFKE MKEIQITQKM NHTWLIFKVD SNITFNSISK DTIALEFTGD ALEQSFFKIK NYFEENQ IK YEYQVDIPAI FQESQIAKKQ ILNQQSQGQK LITMNSIQNE QFFISYIESK QLMILNQMKD LKLSAYKNLY EQMQISQA I TPVENHIGVI LVNGSYCSGK RKFAENLIRF GSDNNLRLHL YKFDLNEMSE LTEKSYLSGL LKFASEKKIQ NTDVIVASV PHFINTKILI DYFSKSEKIS NAFYIRTIAT KININNIYSN FNKNPVNNVF TYGVEGYSQF LLLDTYNNYD ADVNALNKTL SGVLPGAKI YKIMNNILNP ALAKDILTSI TFISEQNNLN RLKYSVQYDL LTSNGPSSVV FIPFKLPILR EKIRDLIYKK I LQNGNQTL VDTIEAEQKI AEFKELNKNS KDPLMIEIIK LKEKIEIQNA QTSDQAIKID YVKGILRYDS KLKEGLEEIT IT PNYFIER TVKGVDAKEF TEELNGVSFK NVKYTGITNS IINDMGFVFA GKNLNKEKLL ELLYKLVKPL NKQKLRQRKD LTE EEIVDI QFRNRGEGLE NGEFYDGQFW RNIQGLILPH HPKKDEFIEE YLKQEEVRIN QINEQLQQEW ETWKQVYDKI HLDK

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 49397
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6zyy:
Outer Dynein Arm-Shulin complex - Dyh3 motor region (Tetrahymena thermophila)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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