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- PDB-2pmz: Archaeal RNA polymerase from Sulfolobus solfataricus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pmz
タイトルArchaeal RNA polymerase from Sulfolobus solfataricus
要素(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 11
キーワードTRANSLATION / TRANSFERASE / 4Fe-4S cluster binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / DNA polymerase; domain 1 - #390 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / Dihydrolipoamide Transferase ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / DNA polymerase; domain 1 - #390 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / Dihydrolipoamide Transferase / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain / RNA polymerase ii / N-terminal domain of TfIIb / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / HRDC domain superfamily / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / Alpha-Beta Plaits - #20 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / Other non-globular / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Rubrerythrin, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Gyrase A; domain 2 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Homeodomain-like / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / : / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Single Sheet / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Helix non-globular / Beta Complex / Special / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N ...FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Murakami, K.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: The X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea
著者: Hirata, A. / Klein, B.J. / Murakami, K.S.
履歴
登録2007年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit A
C: DNA-directed RNA polymerase subunit A"
B: DNA-directed RNA polymerase subunit B
D: DNA-directed RNA polymerase subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase subunit F
H: DNA-directed RNA polymerase subunit H
K: DNA-directed RNA polymerase subunit K
L: DNA-directed RNA polymerase subunit L
N: DNA-directed RNA polymerase subunit N
P: DNA-directed RNA polymerase subunit P
Q: DNA-directed RNA polymerase subunit A
G: DNA-directed RNA polymerase subunit A"
R: DNA-directed RNA polymerase subunit B
S: DNA-directed RNA polymerase subunit D
T: DNA-directed RNA polymerase subunit E
U: DNA-directed RNA polymerase subunit F
V: DNA-directed RNA polymerase subunit H
W: DNA-directed RNA polymerase subunit K
X: DNA-directed RNA polymerase subunit L
Y: DNA-directed RNA polymerase subunit N
Z: DNA-directed RNA polymerase subunit P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)756,48934
ポリマ－755,32522
非ポリマー1,16312
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit A
C: DNA-directed RNA polymerase subunit A"
B: DNA-directed RNA polymerase subunit B
D: DNA-directed RNA polymerase subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase subunit F
H: DNA-directed RNA polymerase subunit H
K: DNA-directed RNA polymerase subunit K
L: DNA-directed RNA polymerase subunit L
N: DNA-directed RNA polymerase subunit N
P: DNA-directed RNA polymerase subunit P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,24417
ポリマ－377,66311
非ポリマー5826
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Q: DNA-directed RNA polymerase subunit A
G: DNA-directed RNA polymerase subunit A"
R: DNA-directed RNA polymerase subunit B
S: DNA-directed RNA polymerase subunit D
T: DNA-directed RNA polymerase subunit E
U: DNA-directed RNA polymerase subunit F
V: DNA-directed RNA polymerase subunit H
W: DNA-directed RNA polymerase subunit K
X: DNA-directed RNA polymerase subunit L
Y: DNA-directed RNA polymerase subunit N
Z: DNA-directed RNA polymerase subunit P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,24417
ポリマ－377,66311
非ポリマー5826
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.820, 201.235, 196.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21Q
12B
22R
13C
23G
14D
24S
15E
25T
16F
26U
17H
27V
18K
28W
19L
29X
110N
210Y
111P
211Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSMGMGAA - X4 - 10034
21LYSLYSMGMGQL - DA4 - 10034
12LEULEUZNZNBC - Y5 - 20015
22LEULEUZNZNRN - EA5 - 20015
13PROPROARGARGCB11 - 3958 - 392
23PROPROARGARGGM11 - 3958 - 392
14SERSERF3SF3SDD - Z2 - 10012
24SERSERF3SF3SSO - FA2 - 10012
15METMETLYSLYSEE1 - 1801 - 180
25METMETLYSLYSTP1 - 1801 - 180
16METMETMETMETFF1 - 891 - 89
26METMETMETMETUQ1 - 891 - 89
17ILEILEILEILEHG9 - 829 - 82
27ILEILEILEILEVR9 - 829 - 82
18GLNGLNLEULEUKH11 - 9211 - 92
28GLNGLNLEULEUWS11 - 9211 - 92
19METMETLYSLYSLI1 - 921 - 92
29METMETLYSLYSXT1 - 921 - 92
110METMETZNZNNJ - AA1 - 10011
210METMETZNZNYU - GA1 - 10011
111CYSCYSZNZNPK - BA6 - 10016
211CYSCYSZNZNZV - HA6 - 10016

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 11種, 22分子 AQCGBRDSETFUHVKWLXNYPZ

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A / E.C.2.7.7.6


分子量: 99815.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980R2, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A" / E.C.2.7.7.6


分子量: 43548.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: P58192, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit B / E.C.2.7.7.6


分子量: 126721.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980R1, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit D / E.C.2.7.7.6


分子量: 30330.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: P95989, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit E / E.C.2.7.7.6


分子量: 20354.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980A3, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit F / E.C.2.7.7.6


分子量: 12825.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q9UXD9, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit H / E.C.2.7.7.6


分子量: 9687.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980Q9, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit K / E.C.2.7.7.6


分子量: 10871.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q97ZJ9, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit L / E.C.2.7.7.6


分子量: 10298.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980K0, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit N / E.C.2.7.7.6


分子量: 7602.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q980Z8, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit P / E.C.2.7.7.6


分子量: 5606.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 参照: UniProt: Q97ZX7, DNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#12: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#13: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.88 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes (pH 7.5), 0.1 M K2CO3, 0.1M Na2S203, 12%(w/v) PEG10000, 2mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月28日 / 詳細: Osmic confocal blue optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→40 Å / Num. obs: 105621 / % possible obs: 80.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.284 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique all: 7294 / Χ2: 1.124 / % possible all: 55.6

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.4 Å39.79 Å
Translation3.4 Å39.79 Å
Phasing dmFOM centric: 0.7 / Reflection centric: 2138
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
9.7-39.7910.930.930.8851064802304
6.1-9.70.830.830.781604415538506
4.9-6.10.750.750.711931018902408
4.3-4.90.760.760.731876718444323
3.6-4.30.590.590.593089730435462
3.4-3.60.30.30.271549215357135

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE2.12位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→39.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.822 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.716 / Rfactor Rfree error: 0.005 / SU B: 63.295 / SU ML: 1.007 / Data cutoff high absF: 6375810.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.985 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.343 5312 5 %RANDOM
Rwork0.2739 ---
all0.274 ---
obs0.274 105616 80.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.8317 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 93.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.86 Å20 Å2-17.75 Å2
2--7.29 Å20 Å2
3----16.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→39.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48098 0 24 0 48122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.00910.02248886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.98266112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.27856006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.4823.6462172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.296158972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.57615412
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.27540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0236284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.228767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.232335
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.21790
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2970.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7421.530979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.339248900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.052319453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8354.517206
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A6175MEDIUM POSITIONAL0.290.5
1A6175MEDIUM THERMAL0.432
2B8595MEDIUM POSITIONAL0.280.5
2B8595MEDIUM THERMAL0.362
3C2168MEDIUM POSITIONAL0.310.5
3C2168MEDIUM THERMAL0.432
4D2121MEDIUM POSITIONAL0.320.5
4D2121MEDIUM THERMAL0.382
5E1400MEDIUM POSITIONAL0.340.5
5E1400MEDIUM THERMAL0.272
6F694MEDIUM POSITIONAL0.340.5
6F694MEDIUM THERMAL0.212
7H612MEDIUM POSITIONAL0.290.5
7H612MEDIUM THERMAL0.312
8K659MEDIUM POSITIONAL0.30.5
8K659MEDIUM THERMAL0.482
9L723MEDIUM POSITIONAL0.320.5
9L723MEDIUM THERMAL0.552
10N515MEDIUM POSITIONAL0.310.5
10N515MEDIUM THERMAL0.272
11P347MEDIUM POSITIONAL0.340.5
11P347MEDIUM THERMAL0.272
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 244 -
Rwork0.384 4995 -
obs-5239 54.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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