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- PDB-4qiw: Crystal structure of euryarchaeal RNA polymerase from Thermococcu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qiw | ||||||
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Title | Crystal structure of euryarchaeal RNA polymerase from Thermococcus kodakarensis | ||||||
![]() | (DNA-directed RNA ...) x 11 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / DNA-directed RNA polymerase | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding ...DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / chromosome / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jun, S.-H. / Murakami, K.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: The X-ray crystal structure of the euryarchaeal RNA polymerase in an open-clamp configuration. Authors: Jun, S.H. / Hirata, A. / Kanai, T. / Santangelo, T.J. / Imanaka, T. / Murakami, K.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 628 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 891.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 264.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 335.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-DNA-directed RNA ... , 11 types, 22 molecules AIBJCMDOEQFRHSKTLUNVPW
#1: Protein | Mass: 103038.633 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 127468.039 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 43727.410 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 29429.645 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #5: Protein | Mass: 21893.438 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #6: Protein | Mass: 14519.659 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #7: Protein | Mass: 9522.031 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #8: Protein | Mass: 6286.519 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #9: Protein | Mass: 11842.385 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #10: Protein | Mass: 7601.975 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #11: Protein/peptide | Mass: 5553.708 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 3 types, 20 molecules 




#12: Chemical | ChemComp-MG / #13: Chemical | ChemComp-ZN / #14: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.1 M imidazole (pH 8.0), 0.2 M CaCl2, 0.2M NaNO3 and 12% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 12, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9179 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. obs: 113257 / % possible obs: 94.9 % |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.59 Å / Redundancy: 4.5 % / % possible all: 86.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→49.732 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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