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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ayb | ||||||
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Title | RNAP at 3.2Ang | ||||||
![]() | (DNA-DIRECTED RNA ...) x 13 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MULTI-SUBUNIT / TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | ![]() RNA polymerase binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation ...RNA polymerase binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wojtas, M.N. / Mogni, M. / Millet, O. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and Functional Analyses of the Interaction of Archaeal RNA Polymerase with DNA. Authors: Wojtas, M.N. / Mogni, M. / Millet, O. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. #1: ![]() Title: Archaeal RNA Polymerase: The Influence of the Protruding Stalk in Crystal Packing and Preliminary Biophysical Analysis of the Rpo13 Subunit. Authors: Wojtas, M. / Peralta, B. / Ondiviela, M. / Mogni, M. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. #2: ![]() Title: Evolution of Complex RNA Polymerases: The Complete Archaeal RNA Polymerase Structure. Authors: Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BQ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4v8sC ![]() 2waqS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA-DIRECTED RNA ... , 13 types, 13 molecules ABCDEFGHKLNPQ
#1: Protein | Mass: 99766.523 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO1N SUBUNIT / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 127582.016 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO2 / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#5: Protein | Mass: 20328.703 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO7 / Source: (natural) ![]() ![]() |
#6: Protein | Mass: 12822.612 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPOF / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#8: Protein | Mass: 9688.296 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO5 / Source: (natural) ![]() ![]() |
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#12: Protein/peptide | Mass: 5606.951 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO12 / Source: (natural) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 3 types, 12 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
#14: Chemical | ChemComp-ZN / #15: Chemical | ChemComp-MG / | #16: Chemical | ChemComp-SF4 / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.6 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→40.1 Å / Num. obs: 88449 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 65.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.27 Å / Redundancy: 15.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2WAQ Resolution: 3.202→40.097 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.23 / Stereochemistry target values: ML / Details: THIS ENTRY UPDATES PDB ENTRIES 2WAQ AND 2WB1.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.89 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.52 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 95.9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.202→40.097 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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