+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ayb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | RNAP at 3.2Ang | ||||||
Components | (DNA-DIRECTED RNA ...) x 13 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / MULTI-SUBUNIT / TRANSCRIPTION | ||||||
Function / homology | Function and homology information RNA polymerase binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation ...RNA polymerase binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.202 Å | ||||||
Authors | Wojtas, M.N. / Mogni, M. / Millet, O. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2012 Title: Structural and Functional Analyses of the Interaction of Archaeal RNA Polymerase with DNA. Authors: Wojtas, M.N. / Mogni, M. / Millet, O. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. #1: Journal: Biochem.Soc.Trans. / Year: 2011 Title: Archaeal RNA Polymerase: The Influence of the Protruding Stalk in Crystal Packing and Preliminary Biophysical Analysis of the Rpo13 Subunit. Authors: Wojtas, M. / Peralta, B. / Ondiviela, M. / Mogni, M. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. #2: Journal: Plos Biol. / Year: 2009 Title: Evolution of Complex RNA Polymerases: The Complete Archaeal RNA Polymerase Structure. Authors: Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G. | ||||||
History |
| ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BQ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ayb.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4ayb.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ayb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ayb_validation.pdf.gz | 572.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4ayb_full_validation.pdf.gz | 709 KB | Display | |
Data in XML | 4ayb_validation.xml.gz | 129.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4ayb_validation.cif.gz | 170.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/4ayb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/4ayb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4v8sC 2waqS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-DNA-DIRECTED RNA ... , 13 types, 13 molecules ABCDEFGHKLNPQ
#1: Protein | Mass: 99766.523 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO1N SUBUNIT / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB53, DNA-directed RNA polymerase |
---|---|
#2: Protein | Mass: 127582.016 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO2 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB55, DNA-directed RNA polymerase |
#3: Protein | Mass: 43792.785 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO1C / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB54, DNA-directed RNA polymerase |
#4: Protein | Mass: 30179.119 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO3 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB56, DNA-directed RNA polymerase |
#5: Protein | Mass: 20328.703 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO7 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB57, DNA-directed RNA polymerase |
#6: Protein | Mass: 12822.612 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPOF / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB58, DNA-directed RNA polymerase |
#7: Protein | Mass: 15139.458 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO8 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB59, DNA-directed RNA polymerase |
#8: Protein | Mass: 9688.296 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO5 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB60, DNA-directed RNA polymerase |
#9: Protein | Mass: 10729.534 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO6 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB61, DNA-directed RNA polymerase |
#10: Protein | Mass: 10211.846 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO11 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB62, DNA-directed RNA polymerase |
#11: Protein | Mass: 7617.085 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO10 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB63, DNA-directed RNA polymerase |
#12: Protein/peptide | Mass: 5606.951 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO12 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB64, DNA-directed RNA polymerase |
#13: Protein | Mass: 12170.576 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: RPO13 / Source: (natural) SULFOLOBUS SHIBATAE (archaea) / References: UniProt: B8YB65, DNA-directed RNA polymerase |
-Non-polymers , 3 types, 12 molecules
#14: Chemical | ChemComp-ZN / #15: Chemical | ChemComp-MG / | #16: Chemical | ChemComp-SF4 / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.47 Å3/Da / Density % sol: 64.6 % / Description: NONE |
---|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→40.1 Å / Num. obs: 88449 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 65.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.27 Å / Redundancy: 15.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2WAQ Resolution: 3.202→40.097 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.23 / Stereochemistry target values: ML / Details: THIS ENTRY UPDATES PDB ENTRIES 2WAQ AND 2WB1.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.89 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.52 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 95.9 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.202→40.097 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|