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- PDB-2pa8: X-Ray Crystal Structure of the D/L Subcomplex of the Sulfolobus S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pa8
タイトルX-Ray Crystal Structure of the D/L Subcomplex of the Sulfolobus Solfataricus RNA polymerase
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit D
  • DNA-directed RNA polymerase subunit L
キーワードTRANSFERASE / Ferredoxin-like Fe-S binding motif / Platform for RNA polymerase assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #20 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / : / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site ...Alpha-Beta Plaits - #20 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / : / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Hirata, A. / Murakami, K.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: The X-ray crystal structure of RNA polymerase from Archaea.
著者: Hirata, A. / Klein, B.J. / Murakami, K.S.
履歴
登録2007年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA-directed RNA polymerase subunit D
L: DNA-directed RNA polymerase subunit L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0214
ポリマ－40,6292
非ポリマー3922
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.703, 93.346, 128.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-3237-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit D


分子量: 30330.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: rpoD / プラスミド: pET21-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus / 参照: UniProt: P95989, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit L


分子量: 10298.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: rpoL / プラスミド: pET21-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q980K0, DNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Sodium citrate, 22 %(saturation) ammonium sulfate, 12 % (w/v) PEG 4000, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月11日 / 詳細: Pt-coated mirror
放射モノクロメーター: Si-111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 85672 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.765.80.8843710.838196.5
1.76-1.836.90.65443670.87197.1
1.83-1.917.40.43843970.926197.4
1.91-2.027.50.29544170.965197.7
2.02-2.147.50.19544491.004197.9
2.14-2.317.40.14644591.147198.3
2.31-2.547.40.10445051.043198.5
2.54-2.917.30.07545131.062198.7
2.91-3.667.20.05445691.255199.2
3.66-5070.04647110.844198.3

-
位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.539 / Packing: 0.544
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation4 Å15 Åfast direct99.3 0
Translation4 Å15 Ågeneral99.3 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
RESOLVE2.06位相決定
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R9T

1r9t


解像度: 1.76→15 Å / σ(F): 0 / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR phasing
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 7258 9.1 %
Rwork0.21 --
obs-73903 92.3 %
溶媒の処理Bsol: 45.173 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 23.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.494 Å20 Å20 Å2
2---6.067 Å20 Å2
3---3.573 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2837 0 12 288 3137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.4652
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.6822.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.76-1.820.3096240.298X-RAY DIFFRACTION577872
1.82-1.90.3037100.269X-RAY DIFFRACTION587374
1.9-1.980.2726900.241X-RAY DIFFRACTION641380
1.98-2.090.2616590.214X-RAY DIFFRACTION670484
2.09-2.220.2537220.206X-RAY DIFFRACTION680285
2.22-2.390.2497360.21X-RAY DIFFRACTION685586
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2iron_sulphur.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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